PlantPromoterDB promoter information of AT5G49950.1

Summary of Gene (AT5G49950.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G49950 TAIR NCBI
Gene model	AT5G49950.1
Description	embryogenesis-associated protein-related; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: esterase/lipase/thioesterase family protein (TAIR:AT1G34340.1); Has 1634 Blast hits to 1634 proteins in 564 species: Archae - 0; Bacteria - 851; Metazoa - 297; Fungi - 122; Plants - 62; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 302 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 20324552-20323353)

`Genome position from initiation codon` `AT5G49960.1 TSS from cDNA TSS information AT5G49950.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G49950.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 4 - 20323621 -69

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	4	-	20323621	-69

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 20323677 -125

TSS clone T clone - 20323676 -124

TSS clone A clone - 20323611 -59

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	20323677	-125
TSS clone	`T`	clone	-	20323676	-124
TSS clone	`A`	clone	-	20323611	-59

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCCAATTG - 20323738 20323745 -186 -193

AtREG647 CCCAATTG PPDB Motif PLACE Motif

REG AAAGCCCA - 20323764 20323771 -212 -219

AtREG376 AAAGCCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG CTTATTGGGCCTCA - 20323797 20323810 -245 -258

AtREG611 CTTATTGG       PPDB Motif PLACE Motif

AtREG417 TTATTGGG      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG355   TATTGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG352    ATTGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356     TTGGGCCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG447      TGGGCCTC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG587       GGGCCTCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCCAATTG`		-	20323738	20323745	-186	-193
	AtREG647	`CCCAATTG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AAAGCCCA`		-	20323764	20323771	-212	-219
	AtREG376	`AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
REG	`CTTATTGGGCCTCA`		-	20323797	20323810	-245	-258
	AtREG611	`CTTATTGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG417	`TTATTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG355	`TATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG352	`ATTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`TTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG447	`TGGGCCTC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG587	`GGGCCTCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None