PlantPromoterDB promoter information of AT5G50330.1

Summary of Gene (AT5G50330.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G50330 TAIR NCBI
Gene model	AT5G50330.1
Description	ATP binding / protein kinase; FUNCTIONS IN: protein kinase activity, ATP binding; INVOLVED IN: protein amino acid phosphorylation; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 19 plant structures; EXPRESSED DURING: 10 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ABC-1 (InterPro:IPR004147), Protein kinase, core (InterPro:IPR000719), Protein kinase-like (InterPro:IPR011009); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ABC1 family protein (TAIR:AT4G24810.2); Has 6935 Blast hits to 6926 proteins in 1103 species: Archae - 67; Bacteria - 2625; Metazoa - 354; Fungi - 354; Plants - 343; Viruses - 14; Other Eukaryotes - 3178 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 20489563-20488364)

`Genome position from initiation codon` `AT5G50330.2 AT5G50335.1 TSS from cDNA TSS information AT5G50330.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G50330.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 4 - 20489481 -918

TSS peak A 2 - 20488676 -113

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	4	-	20489481	-918
TSS peak	`A`	2	-	20488676	-113

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone - 20488683 -120

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	-	20488683	-120

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTCTTCC - 20488639 20488646 -76 -83

Y Patch TCTTCCTC - 20489433 20489440 -870 -877

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTCTTCC`	-	20488639	20488646	-76	-83
Y Patch	`TCTTCCTC`	-	20489433	20489440	-870	-877
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCGAACCGGAT - 20488742 20488752 -179 -189

AtREG456 CCGAACCG    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG423 CGAACCGG   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG579   GAACCGGA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG561    AACCGGAT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG CCGGTTTG - 20488773 20488780 -210 -217

AtREG496 CCGGTTTG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG CCGGTTAA - 20488792 20488799 -229 -236

AtREG501 CCGGTTAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCGAACCGGAT`		-	20488742	20488752	-179	-189
	AtREG456	`CCGAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG423	`CGAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG579	`GAACCGGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG561	`AACCGGAT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`CCGGTTTG`		-	20488773	20488780	-210	-217
	AtREG496	`CCGGTTTG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`CCGGTTAA`		-	20488792	20488799	-229	-236
	AtREG501	`CCGGTTAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None