PlantPromoterDB promoter information of AT5G50430.2

Summary of Gene (AT5G50430.2)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G50430 TAIR NCBI
Gene model	AT5G50430.2
Description	ubiquitin-conjugating enzyme 33 (UBC33); FUNCTIONS IN: ubiquitin-protein ligase activity; INVOLVED IN: regulation of protein metabolic process, post-translational protein modification; LOCATED IN: cellular_component unknown; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like (InterPro:IPR016135), Ubiquitin-conjugating enzyme, E2 (InterPro:IPR000608); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: UBC34 (ubiquitin-conjugating enzyme 34); ubiquitin-protein ligase (TAIR:AT1G17280.2); Has 5716 Blast hits to 5712 proteins in 289 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 2721; Fungi - 1107; Plants - 897; Viruses - 19; Other Eukaryotes - 972 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 20537307-20536108)

`Genome position from initiation codon` `AT5G50430.1 AT5G50430.3 TSS from cDNA TSS information AT5G50430.2 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G50430.2

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 8 - 20537080 -773

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	8	-	20537080	-773

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone - 20537117 -810

TSS clone G clone - 20537080 -773

TSS clone T clone - 20537079 -772

TSS clone C clone - 20537071 -764

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	-	20537117	-810
TSS clone	`G`	clone	-	20537080	-773
TSS clone	`T`	clone	-	20537079	-772
TSS clone	`C`	clone	-	20537071	-764

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTCTCTCTTTCCTCTCTCCT - 20537082 20537101 -775 -794

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTCTCTCTTTCCTCTCTCCT`	-	20537082	20537101	-775	-794
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ATCCGGTTAAA - 20537133 20537143 -826 -836

AtREG561 ATCCGGTT    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG621 TCCGGTTA   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG501   CCGGTTAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG645    CGGTTAAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

REG AACCGACT - 20537161 20537168 -854 -861

AtREG641 AACCGACT PPDB Motif AACCG(G/A), CCGAC PLACE Motif CCGAC, RCCGAC

REG ACCGAACCGG - 20537195 20537204 -888 -897

AtREG451 ACCGAACC   PPDB Motif PLACE Motif

AtREG456 CCGAACCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG423   CGAACCGG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TTGACTTT - 20537281 20537288 -974 -981

AtREG632 TTGACTTT PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ATCCGGTTAAA`		-	20537133	20537143	-826	-836
	AtREG561	`ATCCGGTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG621	`TCCGGTTA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
	AtREG501	`CCGGTTAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
	AtREG645	`CGGTTAAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
REG	`AACCGACT`		-	20537161	20537168	-854	-861
	AtREG641	`AACCGACT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A), CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC, RCCGAC`
REG	`ACCGAACCGG`		-	20537195	20537204	-888	-897
	AtREG451	`ACCGAACC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG456	`CCGAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG423	`CGAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`TTGACTTT`		-	20537281	20537288	-974	-981
	AtREG632	`TTGACTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None