PlantPromoterDB promoter information of AT5G50810.1

Summary of Gene (AT5G50810.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G50810 TAIR NCBI
Gene model	AT5G50810.1
Description	Encodes a small zinc finger-like protein that is a component of the mitochondrial protein import apparatus.

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 20679055-20677856)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G50810.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G50810.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 4 - 20676580 -75

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	4	-	20676580	-75

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 20676586 -81

TSS clone A clone - 20676563 -58

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	20676586	-81
TSS clone	`A`	clone	-	20676563	-58

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTTCTTCTCCTTCTTCTTCTTC - 20676534 20676555 -29 -50

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTTCTTCTCCTTCTTCTTCTTC`	-	20676534	20676555	-29	-50
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTGGCCCAATAAG - 20676642 20676654 -137 -149

AtREG484 TTGGCCCA      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG420 TGGCCCAA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG352   GGCCCAAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG355    GCCCAATA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG417     CCCAATAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG611      CCAATAAG PPDB Motif PLACE Motif

REG TGTTGGGCTTTTAATGGG - 20676659 20676676 -154 -171

AtREG543 TGTTGGGC           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif CAACA

AtREG574 GTTGGGCT          PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif TGGGCY

AtREG407   TTGGGCTT         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376    TGGGCTTT        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG409     GGGCTTTT       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG549      GGCTTTTA      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG396           TTAATGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

REG TCGGCCCAGA - 20676735 20676744 -230 -239

AtREG393 TCGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG397   GGCCCAGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG TTAAACCGGTCGGGTCCG - 20676788 20676805 -283 -300

AtREG473 TTAAACCG           PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG412 TAAACCGG          PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG436   AAACCGGT         PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG552    AACCGGTC        PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG405        GGTCGGGT    PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG390         GTCGGGTC   PPDB Motif CCGAC, GGGACCC PLACE Motif CCGAC

AtREG491           CGGGTCCG PPDB Motif PLACE Motif

REG GTCCGGTTTT - 20676845 20676854 -340 -349

AtREG573 GTCCGGTT   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG521 TCCGGTTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG542   CCGGTTTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTGGCCCAATAAG`		-	20676642	20676654	-137	-149
	AtREG484	`TTGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG420	`TGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG352	`GGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG355	`GCCCAATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG417	`CCCAATAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG611	`CCAATAAG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TGTTGGGCTTTTAATGGG`		-	20676659	20676676	-154	-171
	AtREG543	`TGTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`CAACA`
	AtREG574	`GTTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA, CCAACGG`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`TTGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG376	`TGGGCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG409	`GGGCTTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG549	`GGCTTTTA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG396	`TTAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
REG	`TCGGCCCAGA`		-	20676735	20676744	-230	-239
	AtREG393	`TCGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG397	`GGCCCAGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
REG	`TTAAACCGGTCGGGTCCG`		-	20676788	20676805	-283	-300
	AtREG473	`TTAAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG412	`TAAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG436	`AAACCGGT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG552	`AACCGGTC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG405	`GGTCGGGT`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG390	`GTCGGGTC`		PPDB Motif	`CCGAC, GGGACCC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG491	`CGGGTCCG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GTCCGGTTTT`		-	20676845	20676854	-340	-349
	AtREG573	`GTCCGGTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG521	`TCCGGTTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG542	`CCGGTTTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None