PlantPromoterDB promoter information of AT5G51120.1

Summary of Gene (AT5G51120.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G51120 TAIR NCBI
Gene model	AT5G51120.1
Description	Encodes a homolog of the protein PABN1, a polyadenylation factor subunit.

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 20778760-20779959)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G51120.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT5G51110.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G51120.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 5 + 20779717 -43

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	5	+	20779717	-43

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 20779701 -59

TSS clone G clone + 20779717 -43

TSS clone T clone + 20779719 -41

TSS clone A clone + 20779723 -37

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	20779701	-59
TSS clone	`G`	clone	+	20779717	-43
TSS clone	`T`	clone	+	20779719	-41
TSS clone	`A`	clone	+	20779723	-37

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TAAATGGG + 20779464 20779471 -296 -289

AtREG443 TAAATGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GTGCCACGTA + 20779476 20779485 -284 -275

AtREG444 GTGCCACG   PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

AtREG379 TGCCACGT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG413   GCCACGTA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

REG CTAATGGG + 20779497 20779504 -263 -256

AtREG558 CTAATGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GTGGGACCGACT + 20779522 20779533 -238 -227

AtREG406 GTGGGACC     PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

AtREG638     GACCGACT DREB1Aox, ABA PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC, RCCGAC

REG ACACGTCACG + 20779536 20779545 -224 -215

AtREG517 ACACGTCA   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG466 CACGTCAC ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG489   ACGTCACG ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

REG GAAGCCCATTG + 20779557 20779567 -203 -193

AtREG476 GAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378 AAGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG372   AGCCCATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG551    GCCCATTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TAAATGGG`		+	20779464	20779471	-296	-289
	AtREG443	`TAAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GTGCCACGTA`		+	20779476	20779485	-284	-275
	AtREG444	`GTGCCACG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`
	AtREG379	`TGCCACGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG413	`GCCACGTA`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
REG	`CTAATGGG`		+	20779497	20779504	-263	-256
	AtREG558	`CTAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GTGGGACCGACT`		+	20779522	20779533	-238	-227
	AtREG406	`GTGGGACC`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
	AtREG638	`GACCGACT`	DREB1Aox, ABA	PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC, RCCGAC`
REG	`ACACGTCACG`		+	20779536	20779545	-224	-215
	AtREG517	`ACACGTCA`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG466	`CACGTCAC`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG489	`ACGTCACG`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
REG	`GAAGCCCATTG`		+	20779557	20779567	-203	-193
	AtREG476	`GAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`AAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG372	`AGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG551	`GCCCATTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 8 - 20779434 AT5G51110.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	8	-	20779434	AT5G51110.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone G clone - 20779434 AT5G51110.1

TSS clone T clone - 20779430 AT5G51110.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`G`	clone	-	20779434	AT5G51110.1
TSS clone	`T`	clone	-	20779430	AT5G51110.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TACGTGGCAC - 20779476 20779485 AT5G51110.1

AtREG413 TACGTGGC   PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG379 ACGTGGCA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG444   CGTGGCAC PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

REG CCCATTAG - 20779497 20779504 AT5G51110.1

AtREG558 CCCATTAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AGTCGGTCCCAC - 20779522 20779533 AT5G51110.1

AtREG638 AGTCGGTC     DREB1Aox, ABA PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC, RCCGAC

AtREG406     GGTCCCAC PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

REG CGTGACGTGT - 20779536 20779545 AT5G51110.1

AtREG489 CGTGACGT   ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

AtREG466 GTGACGTG ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG517   TGACGTGT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG CAATGGGCTTC - 20779557 20779567 AT5G51110.1

AtREG551 CAATGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372 AATGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378   ATGGGCTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG476    TGGGCTTC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG TAGGGCTT - 20779686 20779693 AT5G51110.1

AtREG651 TAGGGCTT PPDB Motif PLACE Motif