PlantPromoterDB promoter information of AT5G51440

Summary of Gene (AT5G51440)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G51440 TAIR NCBI
Gene model	AT5G51440
Description	23.5 kDa mitochondrial small heat shock protein (HSP23.5-M); FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: response to heat; EXPRESSED IN: 7 plant structures; EXPRESSED DURING: M germinated pollen stage, 4 anthesis, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Heat shock protein Hsp20 (InterPro:IPR002068), HSP20-like chaperone (InterPro:IPR008978); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ATHSP23.6-MITO (MITOCHONDRION-LOCALIZED SMALL HEAT SHOCK PROTEIN 23.6) (TAIR:AT4G25200.1); Has 2564 Blast hits to 2564 proteins in 629 species: Archae - 92; Bacteria - 1263; Metazoa - 2; Fungi - 89; Plants - 842; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 276 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 20890242-20891441)

`Genome position from initiation codon` `AT5G51440.1 TSS from cDNA TSS information AT5G51440 5'->3' (+) Promoter sequence AT5G51430.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G51440

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak C clone + 20891163 -79

TSS clone peak A clone + 20891165 -77

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`C`	clone	+	20891163	-79
TSS clone peak	`A`	clone	+	20891165	-77

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG None None None

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	None	None	None

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 5 - 20890873 AT5G51430.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	5	-	20890873	AT5G51430.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone - 20890911 AT5G51430.1

TSS clone G clone - 20890889 AT5G51430.1

TSS clone T clone - 20890856 AT5G51430.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	-	20890911	AT5G51430.1
TSS clone	`G`	clone	-	20890889	AT5G51430.1
TSS clone	`T`	clone	-	20890856	AT5G51430.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTTCTTCTCTTC - 20890855 20890867 AT5G51430.1

Y Patch TTTCTTCTTC - 20890891 20890900 AT5G51430.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTTCTTCTCTTC`	-	20890855	20890867	AT5G51430.1
Y Patch	`TTTCTTCTTC`	-	20890891	20890900	AT5G51430.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG AGTCGGTTTAG - 20890916 20890926 AT5G51430.1

AtREG641 AGTCGGTT    PPDB Motif AACCG(G/A), CCGAC PLACE Motif CCGAC, RCCGAC

AtREG514   TCGGTTTA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG511    CGGTTTAG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG GGGCCCAGA - 20890980 20890988 AT5G51430.1

AtREG363 GGGCCCAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG397 GGCCCAGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG ACGGCCCATCA - 20890994 20891004 AT5G51430.1

AtREG368 ACGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG380 CGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG403   GGCCCATC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG635    GCCCATCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif