PlantPromoterDB promoter information of AT5G51480

Summary of Gene (AT5G51480)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G51480 TAIR NCBI
Gene model	AT5G51480
Description	SKU5 SIMILAR 2 (SKS2); FUNCTIONS IN: oxidoreductase activity, copper ion binding; LOCATED IN: anchored to plasma membrane, plasma membrane, anchored to membrane; EXPRESSED IN: 11 plant structures; EXPRESSED DURING: M germinated pollen stage, 4 anthesis, C globular stage, petal differentiation and expansion stage, E expanded cotyledon stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Multicopper oxidase, type 3 (InterPro:IPR011707), Cupredoxin (InterPro:IPR008972), Multicopper oxidase, type 2 (InterPro:IPR011706), Multicopper oxidase, type 1 (InterPro:IPR001117); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SKS1 (SKU5 SIMILAR 1); copper ion binding / oxidoreductase (TAIR:AT4G25240.1); Has 3767 Blast hits to 3753 proteins in 669 species: Archae - 2; Bacteria - 1101; Metazoa - 259; Fungi - 1458; Plants - 790; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 157 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 20909433-20910632)

`Genome position from initiation codon` `AT5G51480.1 TSS from cDNA TSS information AT5G51480 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G51480

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 4 + 20910252 -181

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	4	+	20910252	-181

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone + 20910244 -189

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	+	20910244	-189

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box AATATAAATT + 20910208 20910217 -225 -216

Y Patch TTTCTTCTTC + 20910229 20910238 -204 -195

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`AATATAAATT`	+	20910208	20910217	-225	-216
Y Patch	`TTTCTTCTTC`	+	20910229	20910238	-204	-195
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CGAACCGGTTAA + 20910114 20910125 -319 -308

AtREG423 CGAACCGG     PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG528 GAACCGGT    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG503    ACCGGTTA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG501     CCGGTTAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

REG ACGCGTTT + 20910146 20910153 -287 -280

AtREG633 ACGCGTTT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CGAACCGGTTAA`		+	20910114	20910125	-319	-308
	AtREG423	`CGAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG528	`GAACCGGT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG503	`ACCGGTTA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
	AtREG501	`CCGGTTAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
REG	`ACGCGTTT`		+	20910146	20910153	-287	-280
	AtREG633	`ACGCGTTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None