PlantPromoterDB promoter information of AT5G51510.1

Summary of Gene (AT5G51510.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G51510 TAIR NCBI
Gene model	AT5G51510.1
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; Has 19 Blast hits to 19 proteins in 8 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 17; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 20920512-20921711)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G51510.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G51510.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 4 + 20921446 -66

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	4	+	20921446	-66

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone + 20921458 -54

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	+	20921458	-54

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CCTCCCTCTTTC + 20921453 20921464 -59 -48

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CCTCCCTCTTTC`	+	20921453	20921464	-59	-48
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GTTAGGCC + 20921303 20921310 -209 -202

AtREG535 GTTAGGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG TCGGTTTAG + 20921336 20921344 -176 -168

AtREG514 TCGGTTTA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG511 CGGTTTAG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TGGTTCGGTTTAGTTCGGTTAAA + 20921353 20921375 -159 -137

AtREG655 TGGTTCGG                PPDB Motif PLACE Motif

AtREG451 GGTTCGGT               PPDB Motif PLACE Motif

AtREG556   GTTCGGTT  GTTCGGTT    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG568    TTCGGTTT             PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG514     TCGGTTTA            PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG511      CGGTTTAG           PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG645                CGGTTAAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GTTAGGCC`		+	20921303	20921310	-209	-202
	AtREG535	`GTTAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TCGGTTTAG`		+	20921336	20921344	-176	-168
	AtREG514	`TCGGTTTA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG511	`CGGTTTAG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`TGGTTCGGTTTAGTTCGGTTAAA`		+	20921353	20921375	-159	-137
	AtREG655	`TGGTTCGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG451	`GGTTCGGT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG556	`GTTCGGTT GTTCGGTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG568	`TTCGGTTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG514	`TCGGTTTA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG511	`CGGTTTAG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG645	`CGGTTAAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None