PlantPromoterDB promoter information of AT5G51720

Summary of Gene (AT5G51720)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G51720 TAIR NCBI
Gene model	AT5G51720
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: chloroplast stroma, chloroplast; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; Has 215 Blast hits to 215 proteins in 70 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 183; Fungi - 0; Plants - 16; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 16 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 21008645-21009844)

`Genome position from initiation codon` `AT5G51720.1 TSS from cDNA TSS information AT5G51720 5'->3' (+) Promoter sequence AT5G51710.1 AT5G51710.2 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G51720

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 13 + 21009598 -47

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	13	+	21009598	-47

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone + 21009592 -53

TSS clone A clone + 21009602 -43

TSS clone A clone + 21009603 -42

TSS clone C clone + 21009608 -37

TSS clone G clone + 21009626 -19

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	+	21009592	-53
TSS clone	`A`	clone	+	21009602	-43
TSS clone	`A`	clone	+	21009603	-42
TSS clone	`C`	clone	+	21009608	-37
TSS clone	`G`	clone	+	21009626	-19

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TCATATATCT + 21009566 21009575 -79 -70

Y Patch CTCTCTCCC + 21009549 21009557 -96 -88

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TCATATATCT`	+	21009566	21009575	-79	-70
Y Patch	`CTCTCTCCC`	+	21009549	21009557	-96	-88
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ACGACGTCGTTTA + 21009507 21009519 -138 -126

AtREG431 ACGACGTCGT    PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

AtREG493    ACGTCGTT   PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

AtREG415     CGTCGTTT PPDB Motif PLACE Motif

AtREG565      GTCGTTTA PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ACGACGTCGTTTA`		+	21009507	21009519	-138	-126
	AtREG431	`ACGACGTCGT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
	AtREG493	`ACGTCGTT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
	AtREG415	`CGTCGTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG565	`GTCGTTTA`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak C clone - 21008777 AT5G51710.1, AT5G51710.2

TSS clone peak A clone - 21008664 AT5G51710.1, AT5G51710.2

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`C`	clone	-	21008777	AT5G51710.1, AT5G51710.2
TSS clone peak	`A`	clone	-	21008664	AT5G51710.1, AT5G51710.2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TGACACGTA - 21008774 21008782 AT5G51710.1, AT5G51710.2

AtREG389 TGACACGT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG557 GACACGTA ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC