PlantPromoterDB promoter information of AT5G51950

Summary of Gene (AT5G51950)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G51950 TAIR NCBI
Gene model	AT5G51950
Description	glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase family protein; FUNCTIONS IN: aldehyde-lyase activity, oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors, FAD binding; INVOLVED IN: response to salt stress; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 11 plant structures; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, F mature embryo stage, C globular stage, petal differentiation and expansion stage, E expanded cotyledon stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glucose-methanol-choline oxidoreductase, N-terminal (InterPro:IPR000172), Glucose-methanol-choline oxidoreductase (InterPro:IPR012132), Glucose-methanol-choline oxidoreductase, C-terminal (InterPro:IPR007867); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase family protein (TAIR:AT3G56060.1); Has 8371 Blast hits to 8143 proteins in 678 species: Archae - 2; Bacteria - 2433; Metazoa - 731; Fungi - 1020; Plants - 128; Viruses - 15; Other Eukaryotes - 4042 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 21105509-21104310)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G51950 5'->3' (-) Promoter sequence AT5G51940.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G51950

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak G clone - 21108605 -46

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`G`	clone	-	21108605	-46

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG None None None

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	None	None	None

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 4 + 21104571 AT5G51940.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	4	+	21104571	AT5G51940.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone G clone + 21104572 AT5G51940.1

TSS clone A clone + 21104588 AT5G51940.1

TSS clone A clone + 21104592 AT5G51940.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`G`	clone	+	21104572	AT5G51940.1
TSS clone	`A`	clone	+	21104588	AT5G51940.1
TSS clone	`A`	clone	+	21104592	AT5G51940.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TGTGGGCCTAAATTGGGCTTG + 21104481 21104501 AT5G51940.1

AtREG612 TGTGGGCC              DREB1Aox PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG482 GTGGGCCT             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG358   TGGGCCTA            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG360    GGGCCTAA           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG430     GGCCTAAA          PPDB Motif PLACE Motif

AtREG418           AATTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG402            ATTGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407             TTGGGCTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG525              TGGGCTTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY