PlantPromoterDB promoter information of AT5G52310

Summary of Gene (AT5G52310)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G52310 TAIR NCBI
Gene model	AT5G52310
Description	cold regulated gene, the 5' region of cor78 has cis-acting regulatory elements that can impart cold-regulated gene expression

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 21236279-21237478)

`Genome position from initiation codon` `AT5G52300.1 AT5G52300.2 TSS from cDNA TSS information AT5G52310 5'->3' (+) Promoter sequence AT5G52290.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G52310

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 21240849 -80

TSS clone peak A clone + 21240851 -78

TSS clone A clone + 21240855 -74

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	21240849	-80
TSS clone peak	`A`	clone	+	21240851	-78
TSS clone	`A`	clone	+	21240855	-74

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG None None None

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	None	None	None

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 4 + 21237120 AT5G52300.1, AT5G52300.2

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	4	+	21237120	AT5G52300.1, AT5G52300.2

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone G clone + 21237056 AT5G52300.1, AT5G52300.2

TSS clone A clone + 21237120 AT5G52300.1, AT5G52300.2

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`G`	clone	+	21237056	AT5G52300.1, AT5G52300.2
TSS clone	`A`	clone	+	21237120	AT5G52300.1, AT5G52300.2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TCTCTATAAACT + 21237082 21237093 AT5G52300.1, AT5G52300.2

Y Patch TTCTCTCT + 21237079 21237086 AT5G52300.1, AT5G52300.2

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TCTCTATAAACT`	+	21237082	21237093	AT5G52300.1, AT5G52300.2
Y Patch	`TTCTCTCT`	+	21237079	21237086	AT5G52300.1, AT5G52300.2
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TGATGGGCCAAT + 21236864 21236875 AT5G52300.1, AT5G52300.2

AtREG635 TGATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG403 GATGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG490   ATGGGCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG484    TGGGCCAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG446     GGGCCAAT CK PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG ACGTGGACCGACT + 21236878 21236890 AT5G52300.1, AT5G52300.2

AtREG513 ACGTGGAC      ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG638      GACCGACT DREB1Aox, ABA PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC, RCCGAC

REG AGCCACGTAG + 21236957 21236966 AT5G52300.1, AT5G52300.2

AtREG450 AGCCACGT   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG413 GCCACGTA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG495   CCACGTAG PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG GACGTGGCAG + 21236982 21236991 AT5G52300.1, AT5G52300.2

AtREG388 GACGTGGC   PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG379 ACGTGGCA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG468   CGTGGCAG ABA PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

REG TACGTGTCA + 21237010 21237018 AT5G52300.1, AT5G52300.2

AtREG557 TACGTGTC ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

AtREG389 ACGTGTCA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

REG TGGTTCGG + 21237058 21237065 AT5G52300.1, AT5G52300.2

AtREG655 TGGTTCGG PPDB Motif PLACE Motif