PlantPromoterDB promoter information of AT5G52820.1

Summary of Gene (AT5G52820.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G52820 TAIR NCBI
Gene model	AT5G52820.1
Description	WD-40 repeat family protein / notchless protein, putative; FUNCTIONS IN: nucleotide binding; LOCATED IN: CUL4 RING ubiquitin ligase complex; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: WD40 repeat-like (InterPro:IPR011046), NLE (InterPro:IPR012972), WD40 repeat, region (InterPro:IPR017986), WD40/YVTN repeat-like (InterPro:IPR015943), WD40 repeat (InterPro:IPR001680), G-protein, beta subunit (InterPro:IPR001632); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: transducin family protein / WD-40 repeat family protein (TAIR:AT3G49660.1); Has 92804 Blast hits to 28593 proteins in 717 species: Archae - 60; Bacteria - 7422; Metazoa - 44321; Fungi - 18160; Plants - 9806; Viruses - 6; Other Eukaryotes - 13029 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 21400423-21401622)

`Genome position from initiation codon` `AT5G52810.1 AT5G52815 AT5G52815.1 TSS from cDNA TSS information AT5G52820.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT5G52815.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G52820.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 13 + 21401389 -34

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	13	+	21401389	-34

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 21401349 -74

TSS clone A clone + 21401356 -67

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	21401349	-74
TSS clone	`A`	clone	+	21401356	-67

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CCCTCTTCTCTCTTC + 21401341 21401355 -82 -68

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CCCTCTTCTCTCTTC`	+	21401341	21401355	-82	-68
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AGCGCGTGGCTTTTAACCACGTGGC + 21401165 21401189 -258 -234

AtREG381 AGCGCGTG                  PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

AtREG608     CGTGGCTT              ABA PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

AtREG549        GGCTTTTA           PPDB Motif PLACE Motif

AtREG544                ACCACGTG   ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG367                  CACGTGGC ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC

REG GGGCCAAT + 21401250 21401257 -173 -166

AtREG446 GGGCCAAT CK PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG TTCGGCCCATTAATTAAAGGC + 21401264 21401284 -159 -139

AtREG427 TTCGGCCC              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG393 TCGGCCCA             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG380   CGGCCCAT            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361    GGCCCATT           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG357     GCCCATTA          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG396      CCCATTAA         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG639              TTAAAGGC PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AGCGCGTGGCTTTTAACCACGTGGC`		+	21401165	21401189	-258	-234
	AtREG381	`AGCGCGTG`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif
	AtREG608	`CGTGGCTT`	ABA	PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`
	AtREG549	`GGCTTTTA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG544	`ACCACGTG`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG367	`CACGTGGC`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC`
REG	`GGGCCAAT`		+	21401250	21401257	-173	-166
	AtREG446	`GGGCCAAT`	CK	PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`TTCGGCCCATTAATTAAAGGC`		+	21401264	21401284	-159	-139
	AtREG427	`TTCGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG393	`TCGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG380	`CGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG361	`GGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG357	`GCCCATTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG396	`CCCATTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG639	`TTAAAGGC`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None