PlantPromoterDB promoter information of AT5G53340.1

Summary of Gene (AT5G53340.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G53340 TAIR NCBI
Gene model	AT5G53340.1
Description	galactosyltransferase family protein; FUNCTIONS IN: transferase activity, transferring hexosyl groups, transferase activity, transferring glycosyl groups; INVOLVED IN: protein amino acid glycosylation; LOCATED IN: membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glycosyl transferase, family 31 (InterPro:IPR002659); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: transferase, transferring glycosyl groups / transferase, transferring hexosyl groups (TAIR:AT2G25300.1); Has 473 Blast hits to 472 proteins in 61 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 202; Fungi - 0; Plants - 265; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 6 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 21644195-21642996)

`Genome position from initiation codon` `AT5G53340.2 TSS from cDNA TSS information AT5G53340.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT5G53350.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G53340.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 4 - 21643595 -400

TSS peak A 2 - 21643427 -232

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	4	-	21643595	-400
TSS peak	`A`	2	-	21643427	-232

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 21643485 -290

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	21643485	-290

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCTCCT - 21643458 21643465 -263 -270

Y Patch TCTCTTCTCTT - 21643467 21643477 -272 -282

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCTCCT`	-	21643458	21643465	-263	-270
Y Patch	`TCTCTTCTCTT`	-	21643467	21643477	-272	-282
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ACGTCGTC - 21643761 21643768 -566 -573

AtREG526 ACGTCGTC PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

REG ACGGCCCATGG - 21643777 21643787 -582 -592

AtREG368 ACGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG380 CGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG504   GGCCCATG PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG507    GCCCATGG PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ACGTCGTC`		-	21643761	21643768	-566	-573
	AtREG526	`ACGTCGTC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
REG	`ACGGCCCATGG`		-	21643777	21643787	-582	-592
	AtREG368	`ACGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG380	`CGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG504	`GGCCCATG`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG507	`GCCCATGG`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 5 + 21643866 AT5G53350.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	5	+	21643866	AT5G53350.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone T clone + 21643800 AT5G53350.1

TSS clone T clone + 21643822 AT5G53350.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`T`	clone	+	21643800	AT5G53350.1
TSS clone	`T`	clone	+	21643822	AT5G53350.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTCTCTCTTCC + 21643833 21643843 AT5G53350.1

Y Patch CATCTCTCTCTC + 21643901 21643912 AT5G53350.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTCTCTCTTCC`	+	21643833	21643843	AT5G53350.1
Y Patch	`CATCTCTCTCTC`	+	21643901	21643912	AT5G53350.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG GACGACGT + 21643761 21643768 AT5G53350.1

AtREG526 GACGACGT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

REG CCATGGGCCGT + 21643777 21643787 AT5G53350.1

AtREG507 CCATGGGC    PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

AtREG504 CATGGGCC   PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG380   ATGGGCCG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG368    TGGGCCGT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY