PlantPromoterDB promoter information of AT5G53400.1

Summary of Gene (AT5G53400.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G53400 TAIR NCBI
Gene model	AT5G53400.1
Description	nuclear movement family protein; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: CS domain (InterPro:IPR007052), HSP20-like chaperone (InterPro:IPR008978), CS (InterPro:IPR017447); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: nuclear movement family protein (TAIR:AT4G27890.1); Has 1930 Blast hits to 1478 proteins in 221 species: Archae - 7; Bacteria - 113; Metazoa - 767; Fungi - 136; Plants - 100; Viruses - 4; Other Eukaryotes - 803 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 21660588-21661787)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G53400.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G53400.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak C 4 + 21661444 -144

TSS peak A 4 + 21661472 -116

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`C`	4	+	21661444	-144
TSS peak	`A`	4	+	21661472	-116

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 21661443 -145

TSS clone G clone + 21661453 -135

TSS clone T clone + 21661473 -115

TSS clone A clone + 21661498 -90

TSS clone G clone + 21661503 -85

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	21661443	-145
TSS clone	`G`	clone	+	21661453	-135
TSS clone	`T`	clone	+	21661473	-115
TSS clone	`A`	clone	+	21661498	-90
TSS clone	`G`	clone	+	21661503	-85

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTTCTTCTCC + 21661486 21661496 -102 -92

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTTCTTCTCC`	+	21661486	21661496	-102	-92
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GTGGGCCTTTT + 21661191 21661201 -397 -387

AtREG482 GTGGGCCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353 TGGGCCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG359   GGGCCTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG459    GGCCTTTT PPDB Motif PLACE Motif

REG GTTGGGCCTTATTGGGCTC + 21661322 21661340 -266 -248

AtREG449 GTTGGGCC            PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356 TTGGGCCT           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353   TGGGCCTT          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG351    GGGCCTTA         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG425     GGCCTTAT        PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG611        CTTATTGG     PPDB Motif PLACE Motif

AtREG417         TTATTGGG    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG355          TATTGGGC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG402           ATTGGGCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG533            TTGGGCTC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG TTGGCCCAG + 21661366 21661374 -222 -214

AtREG484 TTGGCCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG458 TGGCCCAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GTGGGCCTTTT`		+	21661191	21661201	-397	-387
	AtREG482	`GTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG353	`TGGGCCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG359	`GGGCCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG459	`GGCCTTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GTTGGGCCTTATTGGGCTC`		+	21661322	21661340	-266	-248
	AtREG449	`GTTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCAACGG`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`TTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG353	`TGGGCCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG351	`GGGCCTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG425	`GGCCTTAT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG611	`CTTATTGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG417	`TTATTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG355	`TATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG402	`ATTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG533	`TTGGGCTC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
REG	`TTGGCCCAG`		+	21661366	21661374	-222	-214
	AtREG484	`TTGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG458	`TGGCCCAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None