PlantPromoterDB promoter information of AT5G53450.2

Summary of Gene (AT5G53450.2)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G53450 TAIR NCBI
Gene model	AT5G53450.2
Description	OBP3-responsive gene 1 (ORG1); FUNCTIONS IN: protein kinase activity, kinase activity, ATP binding; INVOLVED IN: protein amino acid phosphorylation; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein kinase, core (InterPro:IPR000719), Protein kinase-like (InterPro:IPR011009); Has 437 Blast hits to 437 proteins in 124 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 146; Fungi - 39; Plants - 194; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 56 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 21688444-21689643)

`Genome position from initiation codon` `AT5G53450.1 TSS from cDNA TSS information AT5G53450.2 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G53450.2

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 2 + 21688790 -654

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	2	+	21688790	-654

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 21688763 -681

TSS clone T clone + 21688773 -671

TSS clone T clone + 21688861 -583

TSS clone G clone + 21688864 -580

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	21688763	-681
TSS clone	`T`	clone	+	21688773	-671
TSS clone	`T`	clone	+	21688861	-583
TSS clone	`G`	clone	+	21688864	-580

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GCCCAATG + 21688515 21688522 -929 -922

AtREG461 GCCCAATG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ACGGTTTAT + 21688574 21688582 -870 -862

AtREG652 ACGGTTTA PPDB Motif PLACE Motif

AtREG598 CGGTTTAT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG GTCCGGTTTAG + 21688611 21688621 -833 -823

AtREG573 GTCCGGTT    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG521 TCCGGTTT   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG412   CCGGTTTA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG511    CGGTTTAG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TTCGGTTTAT + 21688633 21688642 -811 -802

AtREG568 TTCGGTTT   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG514 TCGGTTTA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG598   CGGTTTAT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG ACGTCACG + 21688644 21688651 -800 -793

AtREG489 ACGTCACG ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

REG GAAGCCCATAA + 21688674 21688684 -770 -760

AtREG476 GAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378 AAGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG477   AGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG394    GCCCATAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GTGGCCCAATAAGGCCCAATG + 21688704 21688724 -740 -720

AtREG445 GTGGCCCA              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GCCAC, GGGCC, TGGGCY

AtREG420 TGGCCCAA             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG352   GGCCCAAT  GGCCCAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG355    GCCCAATA           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG417     CCCAATAA          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG611      CCAATAAG         PPDB Motif PLACE Motif

AtREG425         ATAAGGCC      PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG351          TAAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353           AAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356            AGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG461              GCCCAATG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GCCCAATG`		+	21688515	21688522	-929	-922
	AtREG461	`GCCCAATG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ACGGTTTAT`		+	21688574	21688582	-870	-862
	AtREG652	`ACGGTTTA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG598	`CGGTTTAT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`GTCCGGTTTAG`		+	21688611	21688621	-833	-823
	AtREG573	`GTCCGGTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG521	`TCCGGTTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG412	`CCGGTTTA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG511	`CGGTTTAG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`TTCGGTTTAT`		+	21688633	21688642	-811	-802
	AtREG568	`TTCGGTTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG514	`TCGGTTTA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG598	`CGGTTTAT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`ACGTCACG`		+	21688644	21688651	-800	-793
	AtREG489	`ACGTCACG`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
REG	`GAAGCCCATAA`		+	21688674	21688684	-770	-760
	AtREG476	`GAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`AAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG477	`AGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG394	`GCCCATAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GTGGCCCAATAAGGCCCAATG`		+	21688704	21688724	-740	-720
	AtREG445	`GTGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GCCAC, GGGCC, TGGGCY`
	AtREG420	`TGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG352	`GGCCCAAT GGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG355	`GCCCAATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG417	`CCCAATAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG611	`CCAATAAG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG425	`ATAAGGCC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG351	`TAAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG353	`AAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`AGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG461	`GCCCAATG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None