PlantPromoterDB promoter information of AT5G53620.3

Summary of Gene (AT5G53620.3)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G53620 TAIR NCBI
Gene model	AT5G53620.3
Description	unknown protein; INVOLVED IN: biological_process unknown; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; Has 24768 Blast hits to 16126 proteins in 919 species: Archae - 127; Bacteria - 1854; Metazoa - 13180; Fungi - 1596; Plants - 564; Viruses - 82; Other Eukaryotes - 7365 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 21780217-21781416)

`Genome position from initiation codon` `AT5G53620.1 AT5G53620.2 TSS from cDNA TSS information AT5G53620.3 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G53620.3

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 13 + 21780947 -270

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	13	+	21780947	-270

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 21780952 -265

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	21780952	-265

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TCAGCCCAATAGGCCCGT + 21780684 21780701 -533 -516

AtREG609 TCAGCCCA           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG402   AGCCCAAT         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG355    GCCCAATA        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG624     CCCAATAG       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG424        AATAGGCC    PPDB Motif PLACE Motif

AtREG362         ATAGGCCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG429           AGGCCCGT PPDB Motif ACGGGC PLACE Motif GGGCC

REG TTCGGTTTGG + 21780709 21780718 -508 -499

AtREG568 TTCGGTTT   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG550   CGGTTTGG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG AAACCGAA + 21780803 21780810 -414 -407

AtREG568 AAACCGAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG CCAAACCGAA + 21780818 21780827 -399 -390

AtREG550 CCAAACCG   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG568   AAACCGAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG CCAAACCGAA + 21780835 21780844 -382 -373

AtREG550 CCAAACCG   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG568   AAACCGAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG CCAAACCGGATTAAATGGGTCAAA + 21780852 21780875 -365 -342

AtREG550 CCAAACCG                 PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG496 CAAACCGG                PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG521   AAACCGGA               PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG561    AACCGGAT              PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG443            TAAATGGG      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG592                 GGGTCAAA PPDB Motif PLACE Motif TTGAC, TTGACC

REG TCAGCCCAATAGGCCCAACA + 21780882 21780901 -335 -316

AtREG609 TCAGCCCA             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG402   AGCCCAAT           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG355    GCCCAATA          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG624     CCCAATAG         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG424        AATAGGCC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG362         ATAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG358          TAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356           AGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG449            GGCCCAAC PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG543             GCCCAACA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif CAACA

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TCAGCCCAATAGGCCCGT`		+	21780684	21780701	-533	-516
	AtREG609	`TCAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG402	`AGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG355	`GCCCAATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG624	`CCCAATAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG424	`AATAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG362	`ATAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG429	`AGGCCCGT`		PPDB Motif	`ACGGGC`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`TTCGGTTTGG`		+	21780709	21780718	-508	-499
	AtREG568	`TTCGGTTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG550	`CGGTTTGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`AAACCGAA`		+	21780803	21780810	-414	-407
	AtREG568	`AAACCGAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`CCAAACCGAA`		+	21780818	21780827	-399	-390
	AtREG550	`CCAAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG568	`AAACCGAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`CCAAACCGAA`		+	21780835	21780844	-382	-373
	AtREG550	`CCAAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG568	`AAACCGAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`CCAAACCGGATTAAATGGGTCAAA`		+	21780852	21780875	-365	-342
	AtREG550	`CCAAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG496	`CAAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG521	`AAACCGGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG561	`AACCGGAT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG443	`TAAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG592	`GGGTCAAA`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC, TTGACC`
REG	`TCAGCCCAATAGGCCCAACA`		+	21780882	21780901	-335	-316
	AtREG609	`TCAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG402	`AGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG355	`GCCCAATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG624	`CCCAATAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG424	`AATAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG362	`ATAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG358	`TAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`AGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG449	`GGCCCAAC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCAACGG`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG543	`GCCCAACA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`CAACA`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None