PlantPromoterDB promoter information of AT5G53940.1

Summary of Gene (AT5G53940.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G53940 TAIR NCBI
Gene model	AT5G53940.1
Description	yippee family protein; INVOLVED IN: biological_process unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Yippee-like protein (InterPro:IPR004910); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: yippee family protein (TAIR:AT2G40110.1); Has 696 Blast hits to 696 proteins in 148 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 401; Fungi - 132; Plants - 111; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 52 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 21899589-21898390)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G53940.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G53940.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 5 - 21898610 -21

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	5	-	21898610	-21

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone - 21898607 -18

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	-	21898607	-18

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAATGGGCCCAGTTAAGGCCCAACA - 21898666 21898690 -77 -101

AtREG386 AAATGGGC                  PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361 AATGGGCC                 PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG391   ATGGGCCC                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG422    TGGGCCCA               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG363     GGGCCCAG              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG384      GGCCCAGT             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG416             TTAAGGCC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG351              TAAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353               AAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356                AGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG449                 GGCCCAAC PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG543                  GCCCAACA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif CAACA

REG TTGACTTT - 21898709 21898716 -120 -127

AtREG632 TTGACTTT PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

REG CTATTGGG - 21898780 21898787 -191 -198

AtREG624 CTATTGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAATGGGCCCAGTTAAGGCCCAACA`		-	21898666	21898690	-77	-101
	AtREG386	`AAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG391	`ATGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG422	`TGGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG363	`GGGCCCAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG384	`GGCCCAGT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG416	`TTAAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG351	`TAAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG353	`AAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`AGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG449	`GGCCCAAC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCAACGG`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG543	`GCCCAACA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`CAACA`
REG	`TTGACTTT`		-	21898709	21898716	-120	-127
	AtREG632	`TTGACTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC`
REG	`CTATTGGG`		-	21898780	21898787	-191	-198
	AtREG624	`CTATTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None