PlantPromoterDB promoter information of AT5G54520.1

Summary of Gene (AT5G54520.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G54520 TAIR NCBI
Gene model	AT5G54520.1
Description	WD-40 repeat family protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: CUL4 RING ubiquitin ligase complex, heterotrimeric G-protein complex; EXPRESSED IN: 11 plant structures; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, petal differentiation and expansion stage, D bilateral stage, E expanded cotyledon stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: WD40 repeat-like (InterPro:IPR011046), WD40 repeat, region (InterPro:IPR017986), WD40/YVTN repeat-like (InterPro:IPR015943), WD40 repeat (InterPro:IPR001680); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: transducin family protein / WD-40 repeat family protein (TAIR:AT1G10580.1); Has 17905 Blast hits to 12742 proteins in 467 species: Archae - 38; Bacteria - 2465; Metazoa - 8443; Fungi - 2995; Plants - 1496; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2468 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 22150089-22148890)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G54520.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G54520.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 4 - 22149128 -39

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	4	-	22149128	-39

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 22149128 -39

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	22149128	-39

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CCTTCTCT - 22149164 22149171 -75 -82

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CCTTCTCT`	-	22149164	22149171	-75	-82
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TGGCCCAATTAAAGCCCACTA - 22149181 22149201 -92 -112

AtREG420 TGGCCCAA              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG352 GGCCCAAT             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG418   GCCCAATT            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG600    CCCAATTA           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG545         TTAAAGCC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG365          TAAAGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376           AAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG518            AAGCCCAC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG510             AGCCCACT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG532              GCCCACTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TACACGTGGGCCTGG - 22149212 22149226 -123 -137

AtREG453 TACACGTG        ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACACNNG

AtREG382 ACACGTGG       ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

AtREG464   CACGTGGG      ABA, Auxin, JA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

AtREG482      GTGGGCCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG370       TGGGCCTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG619        GGGCCTGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TGGCCCAATTAAAGCCCACTA`		-	22149181	22149201	-92	-112
	AtREG420	`TGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG352	`GGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG418	`GCCCAATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG600	`CCCAATTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG545	`TTAAAGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG365	`TAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG376	`AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG518	`AAGCCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG510	`AGCCCACT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG532	`GCCCACTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TACACGTGGGCCTGG`		-	22149212	22149226	-123	-137
	AtREG453	`TACACGTG`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACACNNG`
	AtREG382	`ACACGTGG`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG`
	AtREG464	`CACGTGGG`	ABA, Auxin, JA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG`
	AtREG482	`GTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG370	`TGGGCCTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG619	`GGGCCTGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None