PlantPromoterDB promoter information of AT5G55610.1

Summary of Gene (AT5G55610.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G55610 TAIR NCBI
Gene model	AT5G55610.1
Description	unknown protein; LOCATED IN: mitochondrion, chloroplast, plastid, membrane; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; Has 28 Blast hits to 27 proteins in 10 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 28; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 22524981-22526180)

`Genome position from initiation codon` `AT5G55610.2 TSS from cDNA TSS information AT5G55610.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT5G55600.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G55610.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 5 + 22525835 -146

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	5	+	22525835	-146

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 22525925 -56

TSS clone A clone + 22525927 -54

TSS clone G clone + 22525928 -53

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	22525925	-56
TSS clone	`A`	clone	+	22525927	-54
TSS clone	`G`	clone	+	22525928	-53

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTCTCTCTCGTCTCTC + 22525786 22525801 -195 -180

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTCTCTCTCGTCTCTC`	+	22525786	22525801	-195	-180
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAATGACG + 22525660 22525667 -321 -314

AtREG657 AAATGACG PPDB Motif PLACE Motif

REG TTATTGGGCCTTATATGGG + 22525682 22525700 -299 -281

AtREG417 TTATTGGG            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG355 TATTGGGC           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG352   ATTGGGCC          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356    TTGGGCCT         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353     TGGGCCTT        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG351      GGGCCTTA       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG425       GGCCTTAT      PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG620            TATATGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TTAATGGGCCTTAA + 22525704 22525717 -277 -264

AtREG396 TTAATGGG       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG357 TAATGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361   AATGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    ATGGGCCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353     TGGGCCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG351      GGGCCTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG416       GGCCTTAA PPDB Motif PLACE Motif

REG AAAGTCAA + 22525741 22525748 -240 -233

AtREG632 AAAGTCAA PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

REG AAAGTCAA + 22525752 22525759 -229 -222

AtREG632 AAAGTCAA PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAATGACG`		+	22525660	22525667	-321	-314
	AtREG657	`AAATGACG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TTATTGGGCCTTATATGGG`		+	22525682	22525700	-299	-281
	AtREG417	`TTATTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG355	`TATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG352	`ATTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`TTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG353	`TGGGCCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG351	`GGGCCTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG425	`GGCCTTAT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG620	`TATATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TTAATGGGCCTTAA`		+	22525704	22525717	-277	-264
	AtREG396	`TTAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG357	`TAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG353	`TGGGCCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG351	`GGGCCTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG416	`GGCCTTAA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AAAGTCAA`		+	22525741	22525748	-240	-233
	AtREG632	`AAAGTCAA`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC`
REG	`AAAGTCAA`		+	22525752	22525759	-229	-222
	AtREG632	`AAAGTCAA`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak A clone - 22525645 AT5G55600.1, AT5G55600.2

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`A`	clone	-	22525645	AT5G55600.1, AT5G55600.2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None