PlantPromoterDB promoter information of AT5G55620

Summary of Gene (AT5G55620)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G55620 TAIR NCBI
Gene model	AT5G55620
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT3G09950.1); Has 47 Blast hits to 47 proteins in 6 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 47; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 22524823-22526022)

`Genome position from initiation codon` `AT5G55610.1 AT5G55610.2 TSS from cDNA TSS information AT5G55620 5'->3' (+) Promoter sequence AT5G55600.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G55620

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 4 + 22530206 -167

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	4	+	22530206	-167

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CCTCTATATATATAC + 22530168 22530182 -205 -191

Y Patch CTTCTCCT + 22530243 22530250 -130 -123

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CCTCTATATATATAC`	+	22530168	22530182	-205	-191
Y Patch	`CTTCTCCT`	+	22530243	22530250	-130	-123
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAATGACG + 22530108 22530115 -265 -258

AtREG657 AAATGACG PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAATGACG`		+	22530108	22530115	-265	-258
	AtREG657	`AAATGACG`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 5 + 22525835 AT5G55610.2, AT5G55610.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	5	+	22525835	AT5G55610.2, AT5G55610.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone + 22525925 AT5G55610.2, AT5G55610.1

TSS clone A clone + 22525927 AT5G55610.2, AT5G55610.1

TSS clone G clone + 22525928 AT5G55610.2, AT5G55610.1

TSS clone peak A clone - 22525645 AT5G55600.1, AT5G55600.2

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	+	22525925	AT5G55610.2, AT5G55610.1
TSS clone	`A`	clone	+	22525927	AT5G55610.2, AT5G55610.1
TSS clone	`G`	clone	+	22525928	AT5G55610.2, AT5G55610.1
TSS clone peak	`A`	clone	-	22525645	AT5G55600.1, AT5G55600.2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTCTCTCTCGTCTCTC + 22525786 22525801 AT5G55610.1, AT5G55610.2

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTCTCTCTCGTCTCTC`	+	22525786	22525801	AT5G55610.1, AT5G55610.2
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG AAATGACG + 22525660 22525667 AT5G55610.1, AT5G55610.2

AtREG657 AAATGACG PPDB Motif PLACE Motif

REG TTATTGGGCCTTATATGGG + 22525682 22525700 AT5G55610.1, AT5G55610.2

AtREG417 TTATTGGG            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG355 TATTGGGC           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG352   ATTGGGCC          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356    TTGGGCCT         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353     TGGGCCTT        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG351      GGGCCTTA       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG425       GGCCTTAT      PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG620            TATATGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TTAATGGGCCTTAA + 22525704 22525717 AT5G55610.1, AT5G55610.2

AtREG396 TTAATGGG       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG357 TAATGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361   AATGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    ATGGGCCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353     TGGGCCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG351      GGGCCTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG416       GGCCTTAA PPDB Motif PLACE Motif

REG AAAGTCAA + 22525741 22525748 AT5G55610.1, AT5G55610.2

AtREG632 AAAGTCAA PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

REG AAAGTCAA + 22525752 22525759 AT5G55610.1, AT5G55610.2

AtREG632 AAAGTCAA PPDB Motif PLACE Motif TTGAC