version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G55620

Summary of Gene (AT5G55620)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G55620  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G55620  
Description unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT3G09950.1); Has 47 Blast hits to 47 proteins in 6 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 47; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 22525423-22526622)

Genome position     
from initiation codon
AT5G55610.1         
AT5G55610.2         
TSS from cDNA
TSS information
AT5G55620                        5'->3' (+)
Promoter sequence








 
AT5G55600.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G55620

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA4+22530206-167

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxCCTCTATATATATAC+2253016822530182-205-191
Y PatchCTTCTCCT+2253024322530250-130-123
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGAAATGACG+2253010822530115-265-258
 AtREG657AAATGACG PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA5+22525835AT5G55610.2, AT5G55610.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS clone peakAclone-22525645AT5G55600.1, AT5G55600.2
TSS cloneAclone+22525925AT5G55610.2, AT5G55610.1
TSS cloneAclone+22525927AT5G55610.2, AT5G55610.1
TSS cloneGclone+22525928AT5G55610.2, AT5G55610.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTTCTCTCTCGTCTCTC+2252578622525801AT5G55610.1, AT5G55610.2
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGAAATGACG+2252566022525667AT5G55610.1, AT5G55610.2
 AtREG657AAATGACG PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTTATTGGGCCTTATATGGG+2252568222525700AT5G55610.1, AT5G55610.2
 AtREG417TTATTGGG            PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG355 TATTGGGC           PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG352  ATTGGGCC          PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG356   TTGGGCCT         PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG353    TGGGCCTT        PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG351     GGGCCTTA       PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG425      GGCCTTAT      PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG620           TATATGGG PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTTAATGGGCCTTAA+2252570422525717AT5G55610.1, AT5G55610.2
 AtREG396TTAATGGG       PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTTAATGG 
 AtREG357 TAATGGGC      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG361  AATGGGCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG354   ATGGGCCT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG353    TGGGCCTT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG351     GGGCCTTA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG416      GGCCTTAA PPDB Motif  PLACE Motif 
REGAAAGTCAA+2252574122525748AT5G55610.1, AT5G55610.2
 AtREG632AAAGTCAA PPDB Motif  PLACE MotifTTGAC 
REGAAAGTCAA+2252575222525759AT5G55610.1, AT5G55610.2
 AtREG632AAAGTCAA PPDB Motif  PLACE MotifTTGAC 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.