version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G55920.1

Summary of Gene (AT5G55920.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G55920  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G55920.1  
Description nucleolar protein, putative; FUNCTIONS IN: S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity, RNA binding; INVOLVED IN: rRNA processing; LOCATED IN: nucleolus; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Bacterial Fmu (Sun)/eukaryotic nucleolar NOL1/Nop2p (InterPro:IPR001678), Bacterial Fmu (Sun)/eukaryotic nucleolar NOL1/Nop2p, conserved site (InterPro:IPR018314), Nop2p (InterPro:IPR011023); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: nucleolar protein, putative (TAIR:AT4G26600.1); Has 57341 Blast hits to 24891 proteins in 1676 species: Archae - 352; Bacteria - 19580; Metazoa - 14938; Fungi - 5674; Plants - 1601; Viruses - 625; Other Eukaryotes - 14571 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 22643233-22642034)

Genome position     
from initiation codon
AT5G55910.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT5G55920.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence









 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G55920.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakTclone-22649447-64

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGNoneNoneNone

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG8-22642262AT5G55910.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneTclone-22642353AT5G55910.1
TSS cloneTclone-22642289AT5G55910.1
TSS cloneGclone-22642265AT5G55910.1
TSS cloneTclone-22642261AT5G55910.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCTCTTTCTCTCTCT-2264223722642251AT5G55910.1
Y PatchCTCTCTCTCCCTCTCTCT-2264229522642312AT5G55910.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGTTTGACCC-2264237822642385AT5G55910.1
 AtREG592TTTGACCC PPDB Motif  PLACE MotifTTGAC, TTGACC 
REGAAAAAGCC-2264252422642531AT5G55910.1
 AtREG589AAAAAGCC PPDB Motif  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.