PlantPromoterDB promoter information of AT5G55940.1

Summary of Gene (AT5G55940.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G55940 TAIR NCBI
Gene model	AT5G55940.1
Description	embryo defective 2731 (emb2731); FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: embryonic development ending in seed dormancy; LOCATED IN: endoplasmic reticulum; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Uncharacterised protein family UPF0172 (InterPro:IPR005366); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT5G51620.3); Has 220 Blast hits to 219 proteins in 84 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 140; Fungi - 10; Plants - 30; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 40 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 22658894-22657695)

`Genome position from initiation codon` `AT5G55950.1 TSS from cDNA TSS information AT5G55940.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G55940.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 23 - 22657960 -66

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	23	-	22657960	-66

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 22658050 -156

TSS clone G clone - 22658048 -154

TSS clone C clone - 22658014 -120

TSS clone A clone - 22657959 -65

TSS clone G clone - 22657949 -55

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	22658050	-156
TSS clone	`G`	clone	-	22658048	-154
TSS clone	`C`	clone	-	22658014	-120
TSS clone	`A`	clone	-	22657959	-65
TSS clone	`G`	clone	-	22657949	-55

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TGACCCGAACCCGGTTTAG - 22658017 22658035 -123 -141

AtREG617 TGACCCGA            PPDB Motif PLACE Motif

AtREG597 GACCCGAA           PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

AtREG516        AACCCGGT     PPDB Motif PLACE Motif

AtREG455         ACCCGGTT    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG412           CCGGTTTA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG511            CGGTTTAG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TTGACTTT - 22658112 22658119 -218 -225

AtREG632 TTGACTTT PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TGACCCGAACCCGGTTTAG`		-	22658017	22658035	-123	-141
	AtREG617	`TGACCCGA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG597	`GACCCGAA`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
	AtREG516	`AACCCGGT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG455	`ACCCGGTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG412	`CCGGTTTA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG511	`CGGTTTAG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`TTGACTTT`		-	22658112	22658119	-218	-225
	AtREG632	`TTGACTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None