PlantPromoterDB promoter information of AT5G56360.1

Summary of Gene (AT5G56360.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G56360 TAIR NCBI
Gene model	AT5G56360.1
Description	calmodulin-binding protein; FUNCTIONS IN: calmodulin binding; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Low density lipoprotein-receptor, class A, cysteine-rich (InterPro:IPR002172), Mannose-6-phosphate receptor, binding (InterPro:IPR009011), Glucosidase II beta subunit-like (InterPro:IPR012913); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: protein kinase C substrate, heavy chain-related (TAIR:AT2G42390.1); Has 52492 Blast hits to 29968 proteins in 1344 species: Archae - 253; Bacteria - 7152; Metazoa - 21077; Fungi - 6018; Plants - 1646; Viruses - 404; Other Eukaryotes - 15942 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 22828950-22827751)

`Genome position from initiation codon` `AT5G56365.1 TSS from cDNA TSS information AT5G56360.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT5G56365 AT5G56365.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G56360.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 13 - 22828003 -53

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	13	-	22828003	-53

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone - 22828021 -71

TSS clone G clone - 22828003 -53

TSS clone C clone - 22827981 -31

TSS clone G clone - 22827980 -30

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	-	22828021	-71
TSS clone	`G`	clone	-	22828003	-53
TSS clone	`C`	clone	-	22827981	-31
TSS clone	`G`	clone	-	22827980	-30

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTTTCTC - 22828004 22828011 -54 -61

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTTTCTC`	-	22828004	22828011	-54	-61
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GTGTCGTTTT - 22828053 22828062 -103 -112

AtREG527 GTGTCGTT   DREB1Aox PPDB Motif PLACE Motif

AtREG569 TGTCGTTT PPDB Motif PLACE Motif

AtREG520   GTCGTTTT PPDB Motif PLACE Motif

REG CTAATGGGCCTATT - 22828127 22828140 -177 -190

AtREG558 CTAATGGG       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG357 TAATGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361   AATGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    ATGGGCCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG358     TGGGCCTA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG362      GGGCCTAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG424       GGCCTATT PPDB Motif PLACE Motif

REG ATGGCCCATG - 22828196 22828205 -246 -255

AtREG437 ATGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG490 TGGCCCAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG504   GGCCCATG PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG GACGACGT - 22828234 22828241 -284 -291

AtREG526 GACGACGT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

REG TATAGGCCCATTAG - 22828289 22828302 -339 -352

AtREG487 TATAGGCC       PPDB Motif PLACE Motif

AtREG362 ATAGGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG358   TAGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    AGGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361     GGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG357      GCCCATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG558       CCCATTAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GTGTCGTTTT`		-	22828053	22828062	-103	-112
	AtREG527	`GTGTCGTT`	DREB1Aox	PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG569	`TGTCGTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG520	`GTCGTTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CTAATGGGCCTATT`		-	22828127	22828140	-177	-190
	AtREG558	`CTAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG357	`TAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG358	`TGGGCCTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG362	`GGGCCTAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG424	`GGCCTATT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ATGGCCCATG`		-	22828196	22828205	-246	-255
	AtREG437	`ATGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG490	`TGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG504	`GGCCCATG`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
REG	`GACGACGT`		-	22828234	22828241	-284	-291
	AtREG526	`GACGACGT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
REG	`TATAGGCCCATTAG`		-	22828289	22828302	-339	-352
	AtREG487	`TATAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG362	`ATAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG358	`TAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG361	`GGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG357	`GCCCATTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG558	`CCCATTAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None