PlantPromoterDB promoter information of AT5G56710.2

Summary of Gene (AT5G56710.2)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G56710 TAIR NCBI
Gene model	AT5G56710.2
Description	60S ribosomal protein L31 (RPL31C); FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation, ribosome biogenesis; LOCATED IN: cytosolic ribosome, cytosolic large ribosomal subunit, ribosome, cell wall; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein L31e (InterPro:IPR000054); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 60S ribosomal protein L31 (RPL31B) (TAIR:AT4G26230.1); Has 857 Blast hits to 857 proteins in 264 species: Archae - 102; Bacteria - 2; Metazoa - 389; Fungi - 88; Plants - 124; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 152 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 22945767-22944568)

`Genome position from initiation codon` `AT5G56710.1 TSS from cDNA TSS information AT5G56710.2 5'->3' (-) Promoter sequence AT5G56720.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G56710.2

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 17 - 22944962 -195

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	17	-	22944962	-195

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone - 22944967 -200

TSS clone T clone - 22944963 -196

TSS clone G clone - 22944962 -195

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	-	22944967	-200
TSS clone	`T`	clone	-	22944963	-196
TSS clone	`G`	clone	-	22944962	-195

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CATATATATG - 22944991 22945000 -224 -233

Y Patch CTCTCTCTCTCTCTTTCT - 22944913 22944930 -146 -163

Y Patch TTCTCTTCCTTC - 22944974 22944985 -207 -218

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CATATATATG`	-	22944991	22945000	-224	-233
Y Patch	`CTCTCTCTCTCTCTTTCT`	-	22944913	22944930	-146	-163
Y Patch	`TTCTCTTCCTTC`	-	22944974	22944985	-207	-218
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AATAGGCCCATTAAAGCCCAAT - 22945035 22945056 -268 -289

AtREG424 AATAGGCC               PPDB Motif PLACE Motif

AtREG362 ATAGGCCC              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG358   TAGGCCCA             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    AGGCCCAT            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361     GGCCCATT           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG357      GCCCATTA          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG396       CCCATTAA         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG545           TTAAAGCC     PPDB Motif PLACE Motif

AtREG365            TAAAGCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376             AAAGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407              AAGCCCAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG402               AGCCCAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG ATTTGGGCCGTAAATGGGCTA - 22945106 22945126 -339 -359

AtREG421 ATTTGGGC              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG373 TTTGGGCC             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG414   TTGGGCCG            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG368    TGGGCCGT           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG499     GGGCCGTA          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG443           TAAATGGG    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG386            AAATGGGC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372             AATGGGCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG581              ATGGGCTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AATAGGCCCATTAAAGCCCAAT`		-	22945035	22945056	-268	-289
	AtREG424	`AATAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG362	`ATAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG358	`TAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG361	`GGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG357	`GCCCATTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG396	`CCCATTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG545	`TTAAAGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG365	`TAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG376	`AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`AAGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG402	`AGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
REG	`ATTTGGGCCGTAAATGGGCTA`		-	22945106	22945126	-339	-359
	AtREG421	`ATTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG373	`TTTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG414	`TTGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG368	`TGGGCCGT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG499	`GGGCCGTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG443	`TAAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG386	`AAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG372	`AATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG581	`ATGGGCTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None