version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G57350

Summary of Gene (AT5G57350)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G57350  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G57350  
Description member of Plasma membrane H+-ATPase family  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 23241431-23240232)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT5G57350                        5'->3' (-)
Promoter sequence

 
AT5G57360.1         
AT5G57360.2         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence



 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G57350

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA5-23236566-185

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneGclone-23236562-181

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxCATATAAATA-2323660223236611-221-230
Y PatchCTCTCTTT-2323655423236561-173-180
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGCTAAACCGA-2323663223236640-251-259
 AtREG511CTAAACCG  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG514 TAAACCGA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG8+23241431AT5G57360.1, AT5G57360.2

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneGclone+23241427AT5G57360.1, AT5G57360.2

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGAAAGTCAA+2324121223241219AT5G57360.1, AT5G57360.2
 AtREG632AAAGTCAA PPDB Motif  PLACE MotifTTGAC 
REGTGACCCGAC+2324134423241352AT5G57360.1, AT5G57360.2
 AtREG617TGACCCGA  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG390 GACCCGAC PPDB MotifCCGAC, GGGACCC  PLACE MotifCCGAC 
REGCGGACCCG+2324136223241369AT5G57360.1, AT5G57360.2
 AtREG491CGGACCCG PPDB Motif  PLACE Motif 
REGCCGACCCG+2324137823241385AT5G57360.1, AT5G57360.2
 AtREG375CCGACCCG PPDB MotifCCGAC  PLACE MotifCCGAC 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.