PlantPromoterDB promoter information of AT5G57370.1

Summary of Gene (AT5G57370.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G57370 TAIR NCBI
Gene model	AT5G57370.1
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cytosol; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF1777 (InterPro:IPR013957); Has 24491 Blast hits to 11458 proteins in 468 species: Archae - 12; Bacteria - 757; Metazoa - 14990; Fungi - 3198; Plants - 1639; Viruses - 88; Other Eukaryotes - 3807 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 23240861-23242060)

`Genome position from initiation codon` `AT5G57360.1 AT5G57360.2 TSS from cDNA TSS information AT5G57370.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G57370.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak T clone + 23244737 -74

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`T`	clone	+	23244737	-74

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG None None None

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	None	None	None

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 8 + 23241431 AT5G57360.1, AT5G57360.2

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	8	+	23241431	AT5G57360.1, AT5G57360.2

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone G clone + 23241427 AT5G57360.1, AT5G57360.2

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`G`	clone	+	23241427	AT5G57360.1, AT5G57360.2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTTCTCTCTCTCTCTCTCTC + 23241457 23241477 AT5G57360.1, AT5G57360.2

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTTCTCTCTCTCTCTCTCTC`	+	23241457	23241477	AT5G57360.1, AT5G57360.2
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG AAAGTCAA + 23241212 23241219 AT5G57360.1, AT5G57360.2

AtREG632 AAAGTCAA PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

REG TGACCCGAC + 23241344 23241352 AT5G57360.1, AT5G57360.2

AtREG617 TGACCCGA PPDB Motif PLACE Motif

AtREG390 GACCCGAC PPDB Motif CCGAC, GGGACCC PLACE Motif CCGAC

REG CGGACCCG + 23241362 23241369 AT5G57360.1, AT5G57360.2

AtREG491 CGGACCCG PPDB Motif PLACE Motif

REG CCGACCCG + 23241378 23241385 AT5G57360.1, AT5G57360.2

AtREG375 CCGACCCG PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC