PlantPromoterDB promoter information of AT5G57930.2

Summary of Gene (AT5G57930.2)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G57930 TAIR NCBI
Gene model	AT5G57930.2
Description	ACCUMULATION OF PHOTOSYSTEM ONE 2

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 23453690-23454889)

`Genome position from initiation codon` `AT5G57920.1 AT5G57930.1 TSS from cDNA TSS information AT5G57930.2 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G57930.2

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 2 + 23454629 -61

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	2	+	23454629	-61

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 23454604 -86

TSS clone A clone + 23454608 -82

TSS clone G clone + 23454617 -73

TSS clone T clone + 23454650 -40

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	23454604	-86
TSS clone	`A`	clone	+	23454608	-82
TSS clone	`G`	clone	+	23454617	-73
TSS clone	`T`	clone	+	23454650	-40

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTTCTTC + 23454609 23454616 -81 -74

Y Patch CTCTCTCTTCCT + 23454636 23454647 -54 -43

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTTCTTC`	+	23454609	23454616	-81	-74
Y Patch	`CTCTCTCTTCCT`	+	23454636	23454647	-54	-43
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TCGGTTCG + 23454357 23454364 -333 -326

AtREG575 TCGGTTCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TTCGGTTT + 23454367 23454374 -323 -316

AtREG568 TTCGGTTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TTAAAGGCC + 23454469 23454477 -221 -213

AtREG639 TTAAAGGC PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG467 TAAAGGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG GTGGGCCTAATGGG + 23454524 23454537 -166 -153

AtREG482 GTGGGCCT       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG358 TGGGCCTA      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG360   GGGCCTAA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG506    GGCCTAAT    PPDB Motif PLACE Motif

AtREG558       CTAATGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GCCCATTAAAGGCCCATTAT + 23454545 23454564 -145 -126

AtREG357 GCCCATTA   GCCCATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG396 CCCATTAA            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG639      TTAAAGGC        PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG467       TAAAGGCC       PPDB Motif PLACE Motif

AtREG359        AAAGGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353         AAGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354          AGGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361           GGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG546             CCCATTAT PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TCGGTTCG`		+	23454357	23454364	-333	-326
	AtREG575	`TCGGTTCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`TTCGGTTT`		+	23454367	23454374	-323	-316
	AtREG568	`TTCGGTTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`TTAAAGGCC`		+	23454469	23454477	-221	-213
	AtREG639	`TTAAAGGC`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG467	`TAAAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GTGGGCCTAATGGG`		+	23454524	23454537	-166	-153
	AtREG482	`GTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG358	`TGGGCCTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG360	`GGGCCTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG506	`GGCCTAAT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG558	`CTAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GCCCATTAAAGGCCCATTAT`		+	23454545	23454564	-145	-126
	AtREG357	`GCCCATTA GCCCATTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG396	`CCCATTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG639	`TTAAAGGC`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG467	`TAAAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG359	`AAAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG353	`AAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG361	`GGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG546	`CCCATTAT`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None