PlantPromoterDB promoter information of AT5G58510.1

Summary of Gene (AT5G58510.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G58510 TAIR NCBI
Gene model	AT5G58510.1
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT5G55060.1); Has 187 Blast hits to 170 proteins in 57 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 119; Fungi - 0; Plants - 43; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 23 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 23655421-23654222)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G58510.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT5G58520.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G58510.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 13 - 23654518 -97

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	13	-	23654518	-97

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 23654552 -131

TSS clone A clone - 23654543 -122

TSS clone G clone - 23654515 -94

TSS clone T clone - 23654505 -84

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	23654552	-131
TSS clone	`A`	clone	-	23654543	-122
TSS clone	`G`	clone	-	23654515	-94
TSS clone	`T`	clone	-	23654505	-84

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAACGACGACGT - 23654561 23654572 -140 -151

AtREG415 AAACGACG     PPDB Motif PLACE Motif

AtREG648 AACGACGA    PPDB Motif PLACE Motif

AtREG526     GACGACGT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

REG TGCCGTTT - 23654595 23654602 -174 -181

AtREG500 TGCCGTTT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG AAACGGCACG - 23654612 23654621 -191 -200

AtREG500 AAACGGCA   PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG522   ACGGCACG PPDB Motif PLACE Motif

REG GGCCTTTT - 23654663 23654670 -242 -249

AtREG459 GGCCTTTT PPDB Motif PLACE Motif

REG ATAATGGGCCAATATTAGGCCTATT - 23654677 23654701 -256 -280

AtREG546 ATAATGGG                  PPDB Motif PLACE Motif

AtREG357 TAATGGGC                 PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361   AATGGGCC                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG490    ATGGGCCA               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG484     TGGGCCAA              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG446      GGGCCAAT             CK PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG506              ATTAGGCC     PPDB Motif PLACE Motif

AtREG649                 AGGCCTAT PPDB Motif PLACE Motif

AtREG424                  GGCCTATT PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAACGACGACGT`		-	23654561	23654572	-140	-151
	AtREG415	`AAACGACG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG648	`AACGACGA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG526	`GACGACGT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`
REG	`TGCCGTTT`		-	23654595	23654602	-174	-181
	AtREG500	`TGCCGTTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`AAACGGCACG`		-	23654612	23654621	-191	-200
	AtREG500	`AAACGGCA`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG522	`ACGGCACG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GGCCTTTT`		-	23654663	23654670	-242	-249
	AtREG459	`GGCCTTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ATAATGGGCCAATATTAGGCCTATT`		-	23654677	23654701	-256	-280
	AtREG546	`ATAATGGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG357	`TAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG490	`ATGGGCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG484	`TGGGCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG446	`GGGCCAAT`	CK	PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG506	`ATTAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG649	`AGGCCTAT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG424	`GGCCTATT`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak T clone + 23655168 AT5G58520.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`T`	clone	+	23655168	AT5G58520.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None