PlantPromoterDB promoter information of AT5G58720.2

Summary of Gene (AT5G58720.2)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G58720 TAIR NCBI
Gene model	AT5G58720.2
Description	PRLI-interacting factor, putative; FUNCTIONS IN: damaged DNA binding, ATP binding; INVOLVED IN: mismatch repair; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Smr protein/MutS2 C-terminal (InterPro:IPR002625), Region of unknown function DUF1771 (InterPro:IPR013899); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SDE5 (silencing defective 5) (TAIR:AT3G15390.1); Has 242 Blast hits to 240 proteins in 93 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 58; Fungi - 102; Plants - 61; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 19 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 23723974-23722775)

`Genome position from initiation codon` `AT5G58720.1 AT5G58720.3 AT5G58730.1 TSS from cDNA TSS information AT5G58720.2 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G58720.2

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 8 - 23723102 -128

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	8	-	23723102	-128

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone - 23723136 -162

TSS clone T clone - 23723131 -157

TSS clone C clone - 23723101 -127

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	-	23723136	-162
TSS clone	`T`	clone	-	23723131	-157
TSS clone	`C`	clone	-	23723101	-127

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTCCCTCTCTCC - 23723075 23723087 -101 -113

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTCCCTCTCTCC`	-	23723075	23723087	-101	-113
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TGACGTGGCGA - 23723181 23723191 -207 -217

AtREG419 TGACGTGG    PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA

AtREG388 GACGTGGC   PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG371   ACGTGGCG ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG471    CGTGGCGA ABA PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

REG GGCGCGTG - 23723195 23723202 -221 -228

AtREG486 GGCGCGTG PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

REG TTGAACCGGTTCAA - 23723277 23723290 -303 -316

AtREG528   GAACCGGTTC   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG480 TGAACCGGTTCA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG640 TTGAACCGGTTCAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG AAAGTCAA - 23723322 23723329 -348 -355

AtREG632 AAAGTCAA PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TGACGTGGCGA`		-	23723181	23723191	-207	-217
	AtREG419	`TGACGTGG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA`
	AtREG388	`GACGTGGC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG371	`ACGTGGCG`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG471	`CGTGGCGA`	ABA	PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`
REG	`GGCGCGTG`		-	23723195	23723202	-221	-228
	AtREG486	`GGCGCGTG`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif
REG	`TTGAACCGGTTCAA`		-	23723277	23723290	-303	-316
	AtREG528	`GAACCGGTTC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG480	`TGAACCGGTTCA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG640	`TTGAACCGGTTCAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`AAAGTCAA`		-	23723322	23723329	-348	-355
	AtREG632	`AAAGTCAA`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None