PlantPromoterDB promoter information of AT5G59080

Summary of Gene (AT5G59080)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G59080 TAIR NCBI
Gene model	AT5G59080
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: response to oxidative stress; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 18 plant structures; EXPRESSED DURING: 9 growth stages; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT5G02020.1); Has 42 Blast hits to 42 proteins in 9 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 42; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 23856103-23854904)

`Genome position from initiation codon` `AT5G59090.1 AT5G59090.2 AT5G59090.3 TSS from cDNA TSS information AT5G59080 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G59080

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 5 - 23848601 -198

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	5	-	23848601	-198

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 23848495 -92

TSS clone A clone - 23848486 -83

TSS clone A clone - 23848485 -82

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	23848495	-92
TSS clone	`A`	clone	-	23848486	-83
TSS clone	`A`	clone	-	23848485	-82

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTTTCTCT - 23848616 23848624 -213 -221

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTTTCTCT`	-	23848616	23848624	-213	-221
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCAATAAG - 23848770 23848777 -367 -374

AtREG611 CCAATAAG PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCAATAAG`		-	23848770	23848777	-367	-374
	AtREG611	`CCAATAAG`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 49 - 23855272 AT5G59090.1, AT5G59090.2, AT5G59090.3

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	49	-	23855272	AT5G59090.1, AT5G59090.2, AT5G59090.3

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone - 23855275 AT5G59090.1, AT5G59090.2, AT5G59090.3

TSS clone A clone - 23855272 AT5G59090.1, AT5G59090.2, AT5G59090.3

TSS clone T clone - 23855271 AT5G59090.1, AT5G59090.2, AT5G59090.3

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	-	23855275	AT5G59090.1, AT5G59090.2, AT5G59090.3
TSS clone	`A`	clone	-	23855272	AT5G59090.1, AT5G59090.2, AT5G59090.3
TSS clone	`T`	clone	-	23855271	AT5G59090.1, AT5G59090.2, AT5G59090.3

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CTTCTATATAAAGA - 23855298 23855311 AT5G59090.1, AT5G59090.2, AT5G59090.3

Y Patch TCTCTTCT - 23855307 23855314 AT5G59090.1, AT5G59090.2, AT5G59090.3

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CTTCTATATAAAGA`	-	23855298	23855311	AT5G59090.1, AT5G59090.2, AT5G59090.3
Y Patch	`TCTCTTCT`	-	23855307	23855314	AT5G59090.1, AT5G59090.2, AT5G59090.3
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TGGGCTTT - 23855421 23855428 AT5G59090.1, AT5G59090.2, AT5G59090.3

AtREG376 TGGGCTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY