PlantPromoterDB promoter information of AT5G59613.1

Summary of Gene (AT5G59613.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G59613 TAIR NCBI
Gene model	AT5G59613.1
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: mitochondrial respiratory chain complex III; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT3G46430.1); Has 26 Blast hits to 26 proteins in 8 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 26; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 24017500-24016301)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G59613.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G59613.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 20 - 24016559 -59

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	20	-	24016559	-59

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 24016590 -90

TSS clone T clone - 24016589 -89

TSS clone G clone - 24016576 -76

TSS clone C clone - 24016572 -72

TSS clone A clone - 24016563 -63

TSS clone C clone - 24016560 -60

TSS clone T clone - 24016558 -58

TSS clone C clone - 24016550 -50

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	24016590	-90
TSS clone	`T`	clone	-	24016589	-89
TSS clone	`G`	clone	-	24016576	-76
TSS clone	`C`	clone	-	24016572	-72
TSS clone	`A`	clone	-	24016563	-63
TSS clone	`C`	clone	-	24016560	-60
TSS clone	`T`	clone	-	24016558	-58
TSS clone	`C`	clone	-	24016550	-50

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TAGCCCATTAA - 24016655 24016665 -155 -165

AtREG581 TAGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG372 AGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG357   GCCCATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG396    CCCATTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

REG CTTATTGGGCCTTTA - 24016678 24016692 -178 -192

AtREG611 CTTATTGG        PPDB Motif PLACE Motif

AtREG417 TTATTGGG       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG355   TATTGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG352    ATTGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356     TTGGGCCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353      TGGGCCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG359       GGGCCTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG467        GGCCTTTA PPDB Motif PLACE Motif

REG GGCCTTTT - 24016710 24016717 -210 -217

AtREG459 GGCCTTTT PPDB Motif PLACE Motif

REG CAACGGTC - 24016724 24016731 -224 -231

AtREG553 CAACGGTC Auxin PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

REG CGCGTTTTA - 24016736 24016744 -236 -244

AtREG566 CGCGTTTT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG564 GCGTTTTA PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TAGCCCATTAA`		-	24016655	24016665	-155	-165
	AtREG581	`TAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG372	`AGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG357	`GCCCATTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG396	`CCCATTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
REG	`CTTATTGGGCCTTTA`		-	24016678	24016692	-178	-192
	AtREG611	`CTTATTGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG417	`TTATTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG355	`TATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG352	`ATTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`TTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG353	`TGGGCCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG359	`GGGCCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG467	`GGCCTTTA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GGCCTTTT`		-	24016710	24016717	-210	-217
	AtREG459	`GGCCTTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CAACGGTC`		-	24016724	24016731	-224	-231
	AtREG553	`CAACGGTC`	Auxin	PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`
REG	`CGCGTTTTA`		-	24016736	24016744	-236	-244
	AtREG566	`CGCGTTTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG564	`GCGTTTTA`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None