PlantPromoterDB promoter information of AT5G59740.1

Summary of Gene (AT5G59740.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G59740 TAIR NCBI
Gene model	AT5G59740.1
Description	UDP-galactose/UDP-glucose transporter-related; FUNCTIONS IN: galactose transmembrane transporter activity; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: UAA transporter (InterPro:IPR013657); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: UTR5 (UDP-GALACTOSE TRANSPORTER 5); galactose transmembrane transporter (TAIR:AT3G46180.1); Has 824 Blast hits to 824 proteins in 168 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 482; Fungi - 126; Plants - 109; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 105 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 24073747-24072548)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G59740.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT5G59750.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G59740.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak G clone - 24073054 -307

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`G`	clone	-	24073054	-307

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG None None None

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	None	None	None

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 2 + 24073323 AT5G59750.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	2	+	24073323	AT5G59750.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone + 24073238 AT5G59750.1

TSS clone A clone + 24073310 AT5G59750.1

TSS clone G clone + 24073311 AT5G59750.1

TSS clone G clone + 24073323 AT5G59750.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	+	24073238	AT5G59750.1
TSS clone	`A`	clone	+	24073310	AT5G59750.1
TSS clone	`G`	clone	+	24073311	AT5G59750.1
TSS clone	`G`	clone	+	24073323	AT5G59750.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TATAGGCCACGTCAGC + 24073093 24073108 AT5G59750.1

AtREG487 TATAGGCC         PPDB Motif PLACE Motif

AtREG388      GCCACGTC    PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG419       CCACGTCA   PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA

AtREG440        CACGTCAG ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG515         ACGTCAGC SA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

REG GTGGCCCATG + 24073186 24073195 AT5G59750.1

AtREG445 GTGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GCCAC, GGGCC, TGGGCY

AtREG490 TGGCCCAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG504   GGCCCATG PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY