version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G59845

Summary of Gene (AT5G59845)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G59845  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G59845  
Description gibberellin-regulated family protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: response to gibberellin stimulus; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Gibberellin regulated protein (InterPro:IPR003854); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: gibberellin-regulated family protein (TAIR:AT2G39540.1); Has 250 Blast hits to 250 proteins in 35 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 250; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 24112793-24113992)

Genome position     
from initiation codon
AT5G59860.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT5G59845                        5'->3' (+)
Promoter sequence

 
AT5G59850.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence












 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G59845

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneCclone+24111327-116
TSS clone peakAclone+24111334-109
TSS cloneAclone+24111413-30
TSS cloneTclone+24111414-29

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGNoneNoneNone

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG33-24113605AT5G59850.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneAclone-24113610AT5G59850.1
TSS cloneGclone-24113605AT5G59850.1
TSS cloneTclone-24113604AT5G59850.1
TSS cloneGclone-24113598AT5G59850.1
TSS cloneTclone-24113571AT5G59850.1
TSS cloneCclone-24113570AT5G59850.1
TSS cloneCclone-24113564AT5G59850.1
TSS cloneGclone-24113094AT5G59850.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGAAAGGCCCAAAATAAAGCCCATTAT-2411368024113704AT5G59850.1
 AtREG359AAAGGCCC                  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG353 AAGGCCCA                 PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG356  AGGCCCAA                PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG373   GGCCCAAA               PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG529    GCCCAAAA              PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG601           ATAAAGCC       PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG365            TAAAGCCC      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG376             AAAGCCCA     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG378              AAGCCCAT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG372               AGCCCATT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG357                GCCCATTA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG546                 CCCATTAT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTAAACGACG-2411375624113764AT5G59850.1
 AtREG565TAAACGAC  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG415 AAACGACG PPDB Motif  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.