PlantPromoterDB promoter information of AT5G60790.1

Summary of Gene (AT5G60790.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G60790 TAIR NCBI
Gene model	AT5G60790.1
Description	member of GCN subfamily

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 24456767-24455568)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G60790.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G60790.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 67 - 24455970 -203

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	67	-	24455970	-203

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 24455969 -202

TSS clone A clone - 24455960 -193

TSS clone T clone - 24455952 -185

TSS clone A clone - 24455951 -184

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	24455969	-202
TSS clone	`A`	clone	-	24455960	-193
TSS clone	`T`	clone	-	24455952	-185
TSS clone	`A`	clone	-	24455951	-184

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CTCCTATAAATA - 24455995 24456006 -228 -239

Y Patch CGTCTTCT - 24455929 24455936 -162 -169

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CTCCTATAAATA`	-	24455995	24456006	-228	-239
Y Patch	`CGTCTTCT`	-	24455929	24455936	-162	-169
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GTACACGTGGCAC - 24456022 24456034 -255 -267

AtREG562 GTACACGT      ABA, Auxin PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG453 TACACGTG     ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACACNNG

AtREG382   ACACGTGG    ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

AtREG367    CACGTGGC   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC

AtREG379     ACGTGGCA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG444      CGTGGCAC PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

REG TTAAAGCCCATATA - 24456129 24456142 -362 -375

AtREG545 TTAAAGCC       PPDB Motif PLACE Motif

AtREG365 TAAAGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376   AAAGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378    AAGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG477     AGCCCATA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG432      GCCCATAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG620       CCCATATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CTTATTGGGCCTTTAA - 24456146 24456161 -379 -394

AtREG611 CTTATTGG         PPDB Motif PLACE Motif

AtREG417 TTATTGGG        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG355   TATTGGGC       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG352    ATTGGGCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356     TTGGGCCT     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353      TGGGCCTT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG359       GGGCCTTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG467        GGCCTTTA PPDB Motif PLACE Motif

AtREG639         GCCTTTAA PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG TAAAAGCCTTGGGCTTC - 24456192 24456208 -425 -441

AtREG549 TAAAAGCC          PPDB Motif PLACE Motif

AtREG407         TTGGGCTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG476          TGGGCTTC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG AAAACGAC - 24456214 24456221 -447 -454

AtREG520 AAAACGAC PPDB Motif PLACE Motif

REG GGCCTATA - 24456249 24456256 -482 -489

AtREG487 GGCCTATA PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GTACACGTGGCAC`		-	24456022	24456034	-255	-267
	AtREG562	`GTACACGT`	ABA, Auxin	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG453	`TACACGTG`	ABA, DREB1Aox	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, ACACNNG`
	AtREG382	`ACACGTGG`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG`
	AtREG367	`CACGTGGC`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC`
	AtREG379	`ACGTGGCA`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG444	`CGTGGCAC`		PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`
REG	`TTAAAGCCCATATA`		-	24456129	24456142	-362	-375
	AtREG545	`TTAAAGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG365	`TAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG376	`AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`AAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG477	`AGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG432	`GCCCATAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG620	`CCCATATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CTTATTGGGCCTTTAA`		-	24456146	24456161	-379	-394
	AtREG611	`CTTATTGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG417	`TTATTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG355	`TATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG352	`ATTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`TTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG353	`TGGGCCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG359	`GGGCCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG467	`GGCCTTTA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG639	`GCCTTTAA`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`TAAAAGCCTTGGGCTTC`		-	24456192	24456208	-425	-441
	AtREG549	`TAAAAGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG407	`TTGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG476	`TGGGCTTC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
REG	`AAAACGAC`		-	24456214	24456221	-447	-454
	AtREG520	`AAAACGAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GGCCTATA`		-	24456249	24456256	-482	-489
	AtREG487	`GGCCTATA`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None