PlantPromoterDB promoter information of AT5G61865.1

Summary of Gene (AT5G61865.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G61865 TAIR NCBI
Gene model	AT5G61865.1
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; EXPRESSED IN: 10 plant structures; EXPRESSED DURING: 6 growth stages; Has 51 Blast hits to 51 proteins in 26 species: Archae - 3; Bacteria - 6; Metazoa - 23; Fungi - 3; Plants - 4; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 12 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 24846395-24847594)

`Genome position from initiation codon` `AT5G61850.1 TSS from cDNA TSS information AT5G61865.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G61865.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 5 + 24847348 -47

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	5	+	24847348	-47

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTCTCTTC + 24847356 24847363 -39 -32

Y Patch TTTCCTCCT + 24847383 24847391 -12 -4

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTCTCTTC`	+	24847356	24847363	-39	-32
Y Patch	`TTTCCTCCT`	+	24847383	24847391	-12	-4
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ATAATGGGCCA + 24847212 24847222 -183 -173

AtREG546 ATAATGGG    PPDB Motif PLACE Motif

AtREG357 TAATGGGC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361   AATGGGCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG490    ATGGGCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG TATATGGGCCTGG + 24847235 24847247 -160 -148

AtREG620 TATATGGG      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG432 ATATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG364   TATGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    ATGGGCCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG370     TGGGCCTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG619      GGGCCTGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG AGATGGGCCGT + 24847260 24847270 -135 -125

AtREG572 AGATGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG403 GATGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG380   ATGGGCCG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG368    TGGGCCGT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ATAATGGGCCA`		+	24847212	24847222	-183	-173
	AtREG546	`ATAATGGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG357	`TAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG490	`ATGGGCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
REG	`TATATGGGCCTGG`		+	24847235	24847247	-160	-148
	AtREG620	`TATATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG432	`ATATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG364	`TATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG370	`TGGGCCTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG619	`GGGCCTGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`AGATGGGCCGT`		+	24847260	24847270	-135	-125
	AtREG572	`AGATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG403	`GATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG380	`ATGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG368	`TGGGCCGT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None