PlantPromoterDB promoter information of AT5G62070.1

Summary of Gene (AT5G62070.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G62070 TAIR NCBI
Gene model	AT5G62070.1
Description	IQ-domain 23 (IQD23); FUNCTIONS IN: calmodulin binding; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: IQ calmodulin-binding region (InterPro:IPR000048); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: IQD24 (IQ-domain 24); calmodulin binding (TAIR:AT5G07240.1); Has 462 Blast hits to 452 proteins in 38 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 46; Fungi - 4; Plants - 406; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 6 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 24933451-24932252)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G62070.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G62070.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 8 - 24932576 -125

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	8	-	24932576	-125

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 24932576 -125

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	24932576	-125

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TCTATATATAAGC - 24932601 24932613 -150 -162

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TCTATATATAAGC`	-	24932601	24932613	-150	-162
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CGGCGCGTG - 24932630 24932638 -179 -187

AtREG538 CGGCGCGT PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

AtREG486 GGCGCGTG PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

REG AAAAAGCC - 24932673 24932680 -222 -229

AtREG589 AAAAAGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG AAAGTCAA - 24932696 24932703 -245 -252

AtREG632 AAAGTCAA PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

REG TCAGGCCCATTGACTTTAACCG - 24932717 24932738 -266 -287

AtREG374 TCAGGCCC               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG370 CAGGCCCA              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354   AGGCCCAT             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361    GGCCCATT            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG551     GCCCATTG           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG632          TTGACTTT      PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

AtREG645               TTTAACCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

REG AAATGACG - 24932804 24932811 -353 -360

AtREG657 AAATGACG PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CGGCGCGTG`		-	24932630	24932638	-179	-187
	AtREG538	`CGGCGCGT`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif
	AtREG486	`GGCGCGTG`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif
REG	`AAAAAGCC`		-	24932673	24932680	-222	-229
	AtREG589	`AAAAAGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AAAGTCAA`		-	24932696	24932703	-245	-252
	AtREG632	`AAAGTCAA`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC`
REG	`TCAGGCCCATTGACTTTAACCG`		-	24932717	24932738	-266	-287
	AtREG374	`TCAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG370	`CAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG361	`GGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG551	`GCCCATTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG632	`TTGACTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC`
	AtREG645	`TTTAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
REG	`AAATGACG`		-	24932804	24932811	-353	-360
	AtREG657	`AAATGACG`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None