PlantPromoterDB promoter information of AT5G62130.1

Summary of Gene (AT5G62130.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G62130 TAIR NCBI
Gene model	AT5G62130.1
Description	Per1-like protein-related; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Per1-like (InterPro:IPR007217); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Per1-like family protein (TAIR:AT1G16560.3); Has 243 Blast hits to 235 proteins in 100 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 102; Fungi - 97; Plants - 42; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 24953918-24952719)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G62130.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G62130.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak T 4 - 24952989 -71

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`T`	4	-	24952989	-71

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone - 24953174 -256

TSS clone T clone - 24952992 -74

TSS clone A clone - 24952950 -32

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	-	24953174	-256
TSS clone	`T`	clone	-	24952992	-74
TSS clone	`A`	clone	-	24952950	-32

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTTCTTCTCTCT - 24952951 24952962 -33 -44

Y Patch CTTCTCCTTTCTTCTTCTCTTCT - 24952964 24952986 -46 -68

Y Patch CTTCTTCCT - 24952999 24953007 -81 -89

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTTCTTCTCTCT`	-	24952951	24952962	-33	-44
Y Patch	`CTTCTCCTTTCTTCTTCTCTTCT`	-	24952964	24952986	-46	-68
Y Patch	`CTTCTTCCT`	-	24952999	24953007	-81	-89
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCGACTTA - 24953040 24953047 -122 -129

AtREG582 CCGACTTA PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

REG TCACGCGCTT - 24953235 24953244 -317 -326

AtREG395 TCACGCGC PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

AtREG381 CACGCGCT PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

AtREG492 ACGCGCTT PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCGACTTA`		-	24953040	24953047	-122	-129
	AtREG582	`CCGACTTA`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
REG	`TCACGCGCTT`		-	24953235	24953244	-317	-326
	AtREG395	`TCACGCGC`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif
	AtREG381	`CACGCGCT`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif
	AtREG492	`ACGCGCTT`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None