PlantPromoterDB promoter information of AT5G62550

Summary of Gene (AT5G62550)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G62550 TAIR NCBI
Gene model	AT5G62550
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 17 plant structures; EXPRESSED DURING: 9 growth stages; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT3G28770.1); Has 12590 Blast hits to 8122 proteins in 661 species: Archae - 32; Bacteria - 1823; Metazoa - 4128; Fungi - 1277; Plants - 397; Viruses - 48; Other Eukaryotes - 4885 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 25105075-25103876)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G62550 5'->3' (-) Promoter sequence AT5G62540.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G62550

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone - 25107951 -76

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	-	25107951	-76

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG None None None

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	None	None	None

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 17 + 25104091 AT5G62540.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	17	+	25104091	AT5G62540.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone + 25103934 AT5G62540.1

TSS clone T clone + 25103985 AT5G62540.1

TSS clone G clone + 25104012 AT5G62540.1

TSS clone A clone + 25104091 AT5G62540.1

TSS clone G clone + 25104092 AT5G62540.1

TSS clone T clone + 25104098 AT5G62540.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	+	25103934	AT5G62540.1
TSS clone	`T`	clone	+	25103985	AT5G62540.1
TSS clone	`G`	clone	+	25104012	AT5G62540.1
TSS clone	`A`	clone	+	25104091	AT5G62540.1
TSS clone	`G`	clone	+	25104092	AT5G62540.1
TSS clone	`T`	clone	+	25104098	AT5G62540.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CCTCTATATATAC + 25104055 25104067 AT5G62540.1

Y Patch TTCTCTCTCCCTCT + 25104046 25104059 AT5G62540.1

Y Patch TCTCTTTC + 25104101 25104108 AT5G62540.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CCTCTATATATAC`	+	25104055	25104067	AT5G62540.1
Y Patch	`TTCTCTCTCCCTCT`	+	25104046	25104059	AT5G62540.1
Y Patch	`TCTCTTTC`	+	25104101	25104108	AT5G62540.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None