version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G62930.1

Summary of Gene (AT5G62930.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G62930  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G62930.1  
Description GDSL-motif lipase/hydrolase family protein; FUNCTIONS IN: hydrolase activity, hydrolase activity, acting on ester bonds, carboxylesterase activity; INVOLVED IN: lipid metabolic process; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Esterase, SGNH hydrolase-type, subgroup (InterPro:IPR013831), Lipase, GDSL (InterPro:IPR001087), Esterase, SGNH hydrolase-type (InterPro:IPR013830); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: carboxylesterase/ hydrolase/ hydrolase, acting on ester bonds (TAIR:AT5G45920.1); Has 362 Blast hits to 361 proteins in 128 species: Archae - 0; Bacteria - 92; Metazoa - 65; Fungi - 98; Plants - 78; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 29 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 25253912-25255111)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT5G62930.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence







 
AT5G62920.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence





 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G62930.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA38+25254888-24

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone+25254888-24
TSS cloneGclone+25254889-23

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTAAAGGCCCGGCCCATAT+2525481825254835-94-77
 AtREG467TAAAGGCC           PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG359 AAAGGCCC          PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG404      CCCGGCCC    CK PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG457       CCGGCCCA   CK PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG380        CGGCCCAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG364         GGCCCATA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG432          GCCCATAT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTTGGCCCAG+2525483925254847-73-65
 AtREG484TTGGCCCA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG458 TGGCCCAG PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG8-25254218AT5G62920.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneAclone-25254212AT5G62920.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxCTTATATAAATG-2525423825254249AT5G62920.1
Y PatchTCTTTCTCTTCCT-2525419225254204AT5G62920.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGTTCGGTTT-2525441425254421AT5G62920.1
 AtREG568TTCGGTTT PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGTTGACTTT-2525442425254431AT5G62920.1
 AtREG632TTGACTTT PPDB Motif  PLACE MotifTTGAC 
REGTTGAACCG-2525443825254445AT5G62920.1
 AtREG640TTGAACCG PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGCGTTTTGA-2525445225254459AT5G62920.1
 AtREG653CGTTTTGA PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
REGCGGTTAAA-2525449625254503AT5G62920.1
 AtREG645CGGTTAAA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE MotifCNGTTR 
REGCGGTTTGG-2525450625254513AT5G62920.1
 AtREG550CGGTTTGG PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.