PlantPromoterDB promoter information of AT5G63000.1

Summary of Gene (AT5G63000.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G63000 TAIR NCBI
Gene model	AT5G63000.1
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; Has 24 Blast hits to 24 proteins in 10 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 9; Fungi - 0; Plants - 15; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 25282463-25281264)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G63000.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT5G63010.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G63000.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 5 - 25281524 -61

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	5	-	25281524	-61

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 25281532 -69

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	25281532	-69

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CGTCTTCT - 25281540 25281547 -77 -84

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CGTCTTCT`	-	25281540	25281547	-77	-84
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CGGTTAAG - 25281582 25281589 -119 -126

AtREG605 CGGTTAAG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

REG TTTAACCGGTC - 25281604 25281614 -141 -151

AtREG645 TTTAACCG    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG501 TTAACCGG   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG503   TAACCGGT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG552    AACCGGTC PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG GACCGGTTAT - 25281621 25281630 -158 -167

AtREG552 GACCGGTT   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG503 ACCGGTTA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

AtREG548   CCGGTTAT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

REG GCGTTTTA - 25281679 25281686 -216 -223

AtREG564 GCGTTTTA PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG ACGGCGTC - 25281775 25281782 -312 -319

AtREG540 ACGGCGTC PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CGGTTAAG`		-	25281582	25281589	-119	-126
	AtREG605	`CGGTTAAG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
REG	`TTTAACCGGTC`		-	25281604	25281614	-141	-151
	AtREG645	`TTTAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
	AtREG501	`TTAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
	AtREG503	`TAACCGGT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
	AtREG552	`AACCGGTC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`GACCGGTTAT`		-	25281621	25281630	-158	-167
	AtREG552	`GACCGGTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG503	`ACCGGTTA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
	AtREG548	`CCGGTTAT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
REG	`GCGTTTTA`		-	25281679	25281686	-216	-223
	AtREG564	`GCGTTTTA`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`ACGGCGTC`		-	25281775	25281782	-312	-319
	AtREG540	`ACGGCGTC`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak A clone + 25281337 AT5G63010.1

TSS clone peak G clone + 25281714 AT5G63010.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`A`	clone	+	25281337	AT5G63010.1
TSS clone peak	`G`	clone	+	25281714	AT5G63010.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None