version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G63190.2

Summary of Gene (AT5G63190.2)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G63190  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G63190.2  
Description MA3 domain-containing protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Initiation factor eIF-4 gamma, MA3 (InterPro:IPR003891); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: MA3 domain-containing protein (TAIR:AT4G24800.2); Has 1496 Blast hits to 591 proteins in 80 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 1077; Fungi - 6; Plants - 322; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 91 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 25345145-25346344)

Genome position     
from initiation codon
AT5G63190.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT5G63190.2                      5'->3' (+)
Promoter sequence








 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G63190.2

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA8+25345550-595

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone+25345542-603
TSS cloneTclone+25345543-602
TSS cloneGclone+25345545-600
TSS cloneTclone+25345546-599
TSS cloneTclone+25345549-596
TSS cloneAclone+25345550-595
TSS cloneAclone+25345555-590
TSS cloneCclone+25345569-576
TSS cloneAclone+25345571-574
TSS cloneCclone+25345574-571
TSS cloneTclone+25345575-570
TSS cloneTclone+25345591-554
TSS cloneGclone+25345593-552
TSS cloneTclone+25345594-551
TSS cloneTclone+25345600-545
TSS cloneAclone+25345614-531
TSS cloneAclone+25345669-476
TSS cloneCclone+25345676-469
TSS cloneCclone+25345677-468
TSS cloneGclone+25345678-467
TSS cloneGclone+25345679-466
TSS cloneTclone+25345697-448

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxGTATATAAACA+2534551125345521-634-624
Y PatchTTCCTCTCTC+2534558325345592-562-553
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGAGCCCAAAA+2534536325345371-782-774
 AtREG469AGCCCAAA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG529 GCCCAAAA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGCAATGGGCCGAA+2534538125345392-764-753
 AtREG551CAATGGGC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG361 AATGGGCC    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG380  ATGGGCCG   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG393   TGGGCCGA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG427    GGGCCGAA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
REGAGCCCATTG+2534540525345413-740-732
 AtREG372AGCCCATT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG551 GCCCATTG PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGCTAAGCCC+2534547225345479-673-666
 AtREG634CTAAGCCC PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGGATGACGTGTAC+2534549525345506-650-639
 AtREG578GATGACGT    ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT 
 AtREG483 ATGACGTG    PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
 AtREG517  TGACGTGT  ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
 AtREG562    ACGTGTACABA, Auxin PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone

Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.