PlantPromoterDB promoter information of AT5G63470.2

Summary of Gene (AT5G63470.2)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G63470 TAIR NCBI
Gene model	AT5G63470.2
Description	NUCLEAR FACTOR Y, SUBUNIT C4 (NF-YC4); FUNCTIONS IN: transcription factor activity, DNA binding; INVOLVED IN: regulation of transcription, DNA-dependent; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: male gametophyte, pollen tube; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, M germinated pollen stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Transcription factor CBF/NF-Y/archaeal histone (InterPro:IPR003958), Histone-fold (InterPro:IPR009072); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: NF-YC1 (NUCLEAR FACTOR Y, SUBUNIT C1); DNA binding / transcription activator/ transcription factor (TAIR:AT3G48590.1); Has 950 Blast hits to 950 proteins in 161 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 376; Fungi - 232; Plants - 264; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 78 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 25418084-25416885)

`Genome position from initiation codon` `AT5G63470.1 TSS from cDNA TSS information AT5G63470.2 5'->3' (-) Promoter sequence AT5G63480.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G63470.2

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 8 - 25417098 -14

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	8	-	25417098	-14

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 25417117 -33

TSS clone G clone - 25417109 -25

TSS clone A clone - 25417103 -19

TSS clone C clone - 25417099 -15

TSS clone G clone - 25417095 -11

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	25417117	-33
TSS clone	`G`	clone	-	25417109	-25
TSS clone	`A`	clone	-	25417103	-19
TSS clone	`C`	clone	-	25417099	-15
TSS clone	`G`	clone	-	25417095	-11

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CGATGTCGTTTT - 25417257 25417268 -173 -184

AtREG630 CGATGTCG     PPDB Motif PLACE Motif

AtREG569    TGTCGTTT PPDB Motif PLACE Motif

AtREG520     GTCGTTTT PPDB Motif PLACE Motif

REG ACGGCGTC - 25417289 25417296 -205 -212

AtREG540 ACGGCGTC PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CGATGTCGTTTT`		-	25417257	25417268	-173	-184
	AtREG630	`CGATGTCG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG569	`TGTCGTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG520	`GTCGTTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ACGGCGTC`		-	25417289	25417296	-205	-212
	AtREG540	`ACGGCGTC`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None