PlantPromoterDB promoter information of AT5G63640.1

Summary of Gene (AT5G63640.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G63640 TAIR NCBI
Gene model	AT5G63640.1
Description	VHS domain-containing protein / GAT domain-containing protein; FUNCTIONS IN: protein transporter activity; INVOLVED IN: intracellular protein transport, intra-Golgi vesicle-mediated transport; LOCATED IN: Golgi stack, plasma membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: VHS (InterPro:IPR002014), GAT (InterPro:IPR004152), ENTH/VHS (InterPro:IPR008942); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: VHS domain-containing protein / GAT domain-containing protein (TAIR:AT1G21380.1); Has 963 Blast hits to 958 proteins in 131 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 568; Fungi - 188; Plants - 147; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 56 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 25467785-25468984)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G63640.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT5G63620.1 AT5G63620.2 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G63640.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak T 2 + 25478067 -868

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`T`	2	+	25478067	-868

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CGTCTTCTTC + 25478073 25478082 -862 -853

Y Patch TCTCTCTCCT + 25478102 25478111 -833 -824

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CGTCTTCTTC`	+	25478073	25478082	-862	-853
Y Patch	`TCTCTCTCCT`	+	25478102	25478111	-833	-824
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG None None None

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	None	None	None

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 13 - 25468388 AT5G63620.1, AT5G63620.2

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	13	-	25468388	AT5G63620.1, AT5G63620.2

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone T clone - 25468355 AT5G63620.1, AT5G63620.2

TSS clone A clone - 25468353 AT5G63620.1, AT5G63620.2

TSS clone A clone - 25468352 AT5G63620.1, AT5G63620.2

TSS clone C clone - 25468348 AT5G63620.1, AT5G63620.2

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`T`	clone	-	25468355	AT5G63620.1, AT5G63620.2
TSS clone	`A`	clone	-	25468353	AT5G63620.1, AT5G63620.2
TSS clone	`A`	clone	-	25468352	AT5G63620.1, AT5G63620.2
TSS clone	`C`	clone	-	25468348	AT5G63620.1, AT5G63620.2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG CGGCGCGTGAA - 25468443 25468453 AT5G63620.1, AT5G63620.2

AtREG538 CGGCGCGT    PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

AtREG486 GGCGCGTG   PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

AtREG395   GCGCGTGA PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

AtREG631    CGCGTGAA Drought PPDB Motif PLACE Motif

REG TACACGTGGAT - 25468509 25468519 AT5G63620.1, AT5G63620.2

AtREG453 TACACGTG    ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACACNNG

AtREG382 ACACGTGG   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

AtREG408   CACGTGGA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

AtREG547    ACGTGGAT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG