PlantPromoterDB promoter information of AT5G63640.1

Summary of Gene (AT5G63640.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G63640 TAIR NCBI
Gene model	AT5G63640.1
Description	VHS domain-containing protein / GAT domain-containing protein; FUNCTIONS IN: protein transporter activity; INVOLVED IN: intracellular protein transport, intra-Golgi vesicle-mediated transport; LOCATED IN: Golgi stack, plasma membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: VHS (InterPro:IPR002014), GAT (InterPro:IPR004152), ENTH/VHS (InterPro:IPR008942); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: VHS domain-containing protein / GAT domain-containing protein (TAIR:AT1G21380.1); Has 963 Blast hits to 958 proteins in 131 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 568; Fungi - 188; Plants - 147; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 56 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 25475335-25476534)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G63640.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT5G63634.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G63640.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak T 2 + 25478067 -868

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`T`	2	+	25478067	-868

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CGTCTTCTTC + 25478073 25478082 -862 -853

Y Patch TCTCTCTCCT + 25478102 25478111 -833 -824

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CGTCTTCTTC`	+	25478073	25478082	-862	-853
Y Patch	`TCTCTCTCCT`	+	25478102	25478111	-833	-824
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG None None None

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	None	None	None

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTCTCTTCT - 25475665 25475673 AT5G63630.1

Y Patch CATCTCTCTT - 25475712 25475721 AT5G63630.1

Y Patch CTCTCTTTC - 25475729 25475737 AT5G63630.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTCTCTTCT`	-	25475665	25475673	AT5G63630.1
Y Patch	`CATCTCTCTT`	-	25475712	25475721	AT5G63630.1
Y Patch	`CTCTCTTTC`	-	25475729	25475737	AT5G63630.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG AAAAAGCC - 25475860 25475867 AT5G63630.1

AtREG589 AAAAAGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG TGTCGTTTAACGG - 25475907 25475919 AT5G63630.1

AtREG569 TGTCGTTT      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG565 GTCGTTTA     PPDB Motif PLACE Motif

AtREG610      TTTAACGG PPDB Motif PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

REG AAAACGACATGCCGTTTT - 25475941 25475958 AT5G63630.1

AtREG520 AAAACGAC           PPDB Motif PLACE Motif

AtREG569 AAACGACA          PPDB Motif PLACE Motif

AtREG500          TGCCGTTT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG531           GCCGTTTT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif