version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G63640.1

Summary of Gene (AT5G63640.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G63640  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G63640.1  
Description VHS domain-containing protein / GAT domain-containing protein; FUNCTIONS IN: protein transporter activity; INVOLVED IN: intracellular protein transport, intra-Golgi vesicle-mediated transport; LOCATED IN: Golgi stack, plasma membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: VHS (InterPro:IPR002014), GAT (InterPro:IPR004152), ENTH/VHS (InterPro:IPR008942); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: VHS domain-containing protein / GAT domain-containing protein (TAIR:AT1G21380.1); Has 963 Blast hits to 958 proteins in 131 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 568; Fungi - 188; Plants - 147; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 56 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 25475535-25476734)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT5G63640.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence

 
AT5G63634.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence




 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G63640.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakT2+25478067-868

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCGTCTTCTTC+2547807325478082-862-853
Y PatchTCTCTCTCCT+2547810225478111-833-824
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGNoneNoneNone

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTTCTCTTCT-2547566525475673AT5G63630.1
Y PatchCATCTCTCTT-2547571225475721AT5G63630.1
Y PatchCTCTCTTTC-2547572925475737AT5G63630.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGAAAAAGCC-2547586025475867AT5G63630.1
 AtREG589AAAAAGCC PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTGTCGTTTAACGG-2547590725475919AT5G63630.1
 AtREG569TGTCGTTT      PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG565 GTCGTTTA     PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG610     TTTAACGG PPDB Motif  PLACE MotifYAACKG, CNGTTR 
REGAAAACGACATGCCGTTTT-2547594125475958AT5G63630.1
 AtREG520AAAACGAC           PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG569 AAACGACA          PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG500         TGCCGTTT  PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
 AtREG531          GCCGTTTT PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.