PlantPromoterDB promoter information of AT5G63640.1

Summary of Gene (AT5G63640.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G63640 TAIR NCBI
Gene model	AT5G63640.1
Description	VHS domain-containing protein / GAT domain-containing protein; FUNCTIONS IN: protein transporter activity; INVOLVED IN: intracellular protein transport, intra-Golgi vesicle-mediated transport; LOCATED IN: Golgi stack, plasma membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: VHS (InterPro:IPR002014), GAT (InterPro:IPR004152), ENTH/VHS (InterPro:IPR008942); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: VHS domain-containing protein / GAT domain-containing protein (TAIR:AT1G21380.1); Has 963 Blast hits to 958 proteins in 131 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 568; Fungi - 188; Plants - 147; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 56 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 25489685-25490884)

`Genome position from initiation codon` `AT5G63680.1 TSS from cDNA TSS information AT5G63640.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G63640.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak T 2 + 25478067 -868

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`T`	2	+	25478067	-868

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CGTCTTCTTC + 25478073 25478082 -862 -853

Y Patch TCTCTCTCCT + 25478102 25478111 -833 -824

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CGTCTTCTTC`	+	25478073	25478082	-862	-853
Y Patch	`TCTCTCTCCT`	+	25478102	25478111	-833	-824
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG None None None

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	None	None	None

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 17 + 25490118 AT5G63680.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	17	+	25490118	AT5G63680.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone C clone + 25490073 AT5G63680.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`C`	clone	+	25490073	AT5G63680.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box GATATAAAAC + 25490082 25490091 AT5G63680.1

Y Patch CTTTCTTC + 25490091 25490098 AT5G63680.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`GATATAAAAC`	+	25490082	25490091	AT5G63680.1
Y Patch	`CTTTCTTC`	+	25490091	25490098	AT5G63680.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG CTTATTGG + 25490031 25490038 AT5G63680.1

AtREG611 CTTATTGG PPDB Motif PLACE Motif

REG TTCCACGTGGAA + 25490057 25490068 AT5G63680.1

AtREG408 TCCACGTGGA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

AtREG627 TTCCACGTGGAA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG