version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G63650

Summary of Gene (AT5G63650)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G63650  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G63650  
Description encodes a member of SNF1-related protein kinases (SnRK2) whose activity is activated by ionic (salt) and non-ionic (mannitol) osmotic stress.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 25476645-25475446)

Genome position     
from initiation codon
AT5G63634.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT5G63650                        5'->3' (-)
Promoter sequence




 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G63650

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA10-25483584-89

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneTclone-25483715-220
TSS cloneAclone-25483584-89

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxCTTTATAA-2548361125483618-116-123
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGCCGTTGGAT-2548380125483809-306-314
 AtREG554CCGTTGGA  PPDB MotifCCAACGG  PLACE MotifYAACKG, CNGTTR 
 AtREG586 CGTTGGAT PPDB MotifCCAACGG  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTTCTCTTCT-2547566525475673AT5G63630.1
Y PatchCATCTCTCTT-2547571225475721AT5G63630.1
Y PatchCTCTCTTTC-2547572925475737AT5G63630.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGAAAAAGCC-2547586025475867AT5G63630.1
 AtREG589AAAAAGCC PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTGTCGTTTAACGG-2547590725475919AT5G63630.1
 AtREG569TGTCGTTT      PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG565 GTCGTTTA     PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG610     TTTAACGG PPDB Motif  PLACE MotifYAACKG, CNGTTR 
REGAAAACGACATGCCGTTTT-2547594125475958AT5G63630.1
 AtREG520AAAACGAC           PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG569 AAACGACA          PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG500         TGCCGTTT  PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
 AtREG531          GCCGTTTT PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.