PlantPromoterDB promoter information of AT5G63650

Summary of Gene (AT5G63650)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	5
Locus	AT5G63650 TAIR NCBI
Gene model	AT5G63650
Description	encodes a member of SNF1-related protein kinases (SnRK2) whose activity is activated by ionic (salt) and non-ionic (mannitol) osmotic stress.

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 25488795-25487596)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT5G63650 5'->3' (-) Promoter sequence AT5G63670.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G63650

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 10 - 25483584 -89

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	10	-	25483584	-89

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone - 25483715 -220

TSS clone A clone - 25483584 -89

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	-	25483715	-220
TSS clone	`A`	clone	-	25483584	-89

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CTTTATAA - 25483611 25483618 -116 -123

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CTTTATAA`	-	25483611	25483618	-116	-123
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCGTTGGAT - 25483801 25483809 -306 -314

AtREG554 CCGTTGGA PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

AtREG586 CGTTGGAT PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCGTTGGAT`		-	25483801	25483809	-306	-314
	AtREG554	`CCGTTGGA`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`
	AtREG586	`CGTTGGAT`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 30 + 25487994 AT5G63670.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	30	+	25487994	AT5G63670.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone G clone + 25487981 AT5G63670.1

TSS clone G clone + 25487982 AT5G63670.1

TSS clone T clone + 25487989 AT5G63670.1

TSS clone G clone + 25487991 AT5G63670.1

TSS clone A clone + 25487995 AT5G63670.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`G`	clone	+	25487981	AT5G63670.1
TSS clone	`G`	clone	+	25487982	AT5G63670.1
TSS clone	`T`	clone	+	25487989	AT5G63670.1
TSS clone	`G`	clone	+	25487991	AT5G63670.1
TSS clone	`A`	clone	+	25487995	AT5G63670.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG AAAGTCAA + 25487833 25487840 AT5G63670.1

AtREG632 AAAGTCAA PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

REG TTAAAGCCCATA + 25487893 25487904 AT5G63670.1

AtREG545 TTAAAGCC     PPDB Motif PLACE Motif

AtREG365 TAAAGCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376   AAAGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378    AAGCCCAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG477     AGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG TAAAAGCCCAAATACGGCCCAATAA + 25487907 25487931 AT5G63670.1

AtREG549 TAAAAGCC                  PPDB Motif PLACE Motif

AtREG409 AAAAGCCC                 PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376   AAAGCCCA                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407    AAGCCCAA               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG469     AGCCCAAA              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG421      GCCCAAAT             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG499             TACGGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG368              ACGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG414               CGGCCCAA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG352                GGCCCAAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG355                 GCCCAATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG417                  CCCAATAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif