version
PlantPromoterDB promoter information of AT5G63650.1

Summary of Gene (AT5G63650.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 5  
Locus AT5G63650  TAIR      NCBI 
Gene model AT5G63650.1  
Description encodes a member of SNF1-related protein kinases (SnRK2) whose activity is activated by ionic (salt) and non-ionic (mannitol) osmotic stress.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 25469145-25467946)

Genome position     
from initiation codon
AT5G63620.1         
AT5G63620.2         
TSS from cDNA
TSS information
AT5G63650.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence




 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT5G63650.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA10-25483584-89

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneTclone-25483715-220
TSS cloneAclone-25483584-89

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxCTTTATAA-2548361125483618-116-123
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGCCGTTGGAT-2548380125483809-306-314
 AtREG554CCGTTGGA  PPDB MotifCCAACGG  PLACE MotifYAACKG, CNGTTR 
 AtREG586 CGTTGGAT PPDB MotifCCAACGG  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA13-25468388AT5G63620.1, AT5G63620.2

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneTclone-25468355AT5G63620.1, AT5G63620.2
TSS cloneAclone-25468353AT5G63620.1, AT5G63620.2
TSS cloneAclone-25468352AT5G63620.1, AT5G63620.2
TSS cloneCclone-25468348AT5G63620.1, AT5G63620.2

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGCGGCGCGTGAA-2546844325468453AT5G63620.1, AT5G63620.2
 AtREG538CGGCGCGT    PPDB MotifACGCGC  PLACE Motif 
 AtREG486 GGCGCGTG   PPDB MotifACGCGC  PLACE Motif 
 AtREG395  GCGCGTGA  PPDB MotifACGCGC  PLACE Motif 
 AtREG631   CGCGTGAADrought PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTACACGTGGAT-2546850925468519AT5G63620.1, AT5G63620.2
 AtREG453TACACGTG   ABA, DREB1Aox PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, ACACNNG 
 AtREG382 ACACGTGG  ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG 
 AtREG408  CACGTGGA ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG 
 AtREG547   ACGTGGATABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.